从1624年郑芝龙伙同颜思齐逃离日本时的十三艘船、数百人，到1626年时，船只数量已经达到一百二十艘，而在1627上半年，扩大到四百艘船与七万人，到了下半年，郑芝龙船只的数量就达到一千艘之多，这个增长速度真算是一个奇迹。
这些数据表明，年轻的郑芝龙确实拥有非凡的领导才能，这也使他在集团内部的领袖地位变得不可动摇。
三、招抚与开发
大明朝政府此时也陷入困境之中，朝廷内有魏忠贤残酷镇压东林党人，外有满族人在东北地区屡屡发动进攻，在这么一个背景下，要剿灭郑芝龙确实心有余力不足。
郑芝龙的船队对沿海地区的不断骚扰，令政府非常不安，决定采用招抚的策略。在此之前，政府已经招抚过一批小海盗，有了一些成功的经验。
在福建巡抚朱钦相的授权下，泉州巡海道蔡善继负责招抚郑芝龙的工作，蔡善继写了一封劝降信，派人送给郑芝龙。郑芝龙虽然自小性格叛逆，但父亲的传统思想不可能对他没有任何影响，中国传统思维的的强大力量体现出来了，对中国人来说，衣锦还乡、光宗耀祖才算是真正成功者。在郑芝龙看来，海外的成功并不能得到家乡族人的认可，郑芝龙一直以来都想要一个名份。
如果仅从才能来看，郑芝龙的才干，绝不亚于颜思齐，但从胸襟来看，他缺少颜思齐开拓海外的眼光。虽然以现在的成就来看，郑芝龙已俨然是东南海域的霸主，但他更希望能以此来换取一官半职，成为大帝国官僚阶层中的一员。
蔡善继抓住了"光耀门闾"这个关键，这让郑芝龙呯然心动。在郑芝龙看来，虽然自己拥兵数万，但背着海盗的恶名，在他内心深处，渴望在大帝国的权力圈中占有一席之地，他接受了招抚。这次决定令他的部下大吃一惊，特别是陈衷纪、杨天生等人，坚决拒绝朝廷的招抚，也有些海盗头目担心明朝政府出尔反尔，这种担心并不是没有依据，在嘉靖皇帝的时候，政府在诱降最大的海盗头目王直之后，便背信弃义将其处死。即便有前车之鉴，郑芝龙还是愿意冒这个风险，他是个敢赌的人，在他看来，人生就是一个赌局，他要为仕途狠赌一把。
跟随郑芝龙前往投降的，只有十二艘船，共八百余人。但郑芝龙很快会体会到一种失落了，小小的泉州官员蔡善继就以一种居高临下的口气来教导他，在这位官员看来，郑芝龙不过是个弃暗投明的海盗罢了，如果说这就是官场的一种表现也就算了，更令郑芝龙难受的，是政府竟然吝啬到一官半职也不肯施舍。
福建政府官员显然很不识时务，帝国等级森严的制度早使他们养成了一种无知的自大，在他们眼中，百姓不过是一群绵羊，而他们则是牧羊人。在福建巡抚朱钦相看来，对郑芝龙的归降，不追究他所犯下的累累罪行，已经是天恩浩荡了。郑芝龙的失望是可以理解的，他体会到一名格言的真谛:"虎不可失威，人不可失势。"自己的势力就是和政府谈判的筹码。这个筹码越大，他谈成的可能性才越大。他秘密率船队离开泉州，再次返回到台湾的基地，重新当起海上的霸主，政府第一次招抚彻底失败了。
见识短浅的福建官府很快就要付出高昂的代价。福建的水军几次进剿郑芝龙，但无一例外遭到失利，郑芝龙在俘虏了水军将领卢毓英之后，将其释放并让他转告上级，称自己并无意与政府对抗，并说:"苟得一爵相加，当为朝廷效死力，东南半壁可高枕矣。"再次明示只要政府授予他一定的官职，他不仅愿意归顺，而且还将以他庞大的海上力量，力保中国东南沿海的安全。
与海盗谈条件，对傲慢的官府来说无疑是一种耻辱。福建巡抚朱一冯严令都督俞咨皋全面进剿郑芝龙，俞咨皋是嘉靖时代剿灭倭寇的名将俞大猷的儿子，但这并不表明他与父亲一样能征善战，连郑芝龙都嘲弄他"徒读父书安知兵"，这次出剿不仅损失折将，最后连中左所（厦门）也被郑芝龙的海盗军所攻占，屡战屡败的俞咨皋最后被政府处死。
面对郑芝龙势力的逐渐强大，连荷兰人都深感威胁。大量招收泉州、漳州一带的百姓进入海盗队伍后，郑芝龙所控制的船只已经达到一千艘，由于福建官府根本无法与郑芝龙相抗衡，所以秘密约请荷兰人参予清剿郑芝龙的行动。荷兰驻台湾的总督韦特便率荷兰船只进攻盘踞在福建铜山的郑芝龙的船队，但是郑芝龙马上还以颜色，海盗船上强大的炮火令荷兰人心惊胆战，韦特总督被吓得一炮未发，便仓惶率着维蕾德号、伊拉斯莫号船逃往爪哇，其他的船只在郑芝龙坚船利炮的打击下，损失惨重。
在此之前，郑芝龙与荷兰人在贸易合作上一直比较融洽，但荷兰人协助福建官兵清剿，令郑芝龙无比的愤怒，他决心要狠狠地报复荷兰人。在台湾海峡，没有任何一支海上力量可与郑芝龙相对抗，包括荷兰人，很快，荷兰人的一艘搭载八十五名水手的大帆船被郑芝龙所截获，装载有价值一万八千里尔货物的荷兰商船同样被劫走，另外至少还有五艘荷兰船只也落得同样下场。被困在台湾岛南部的荷兰人这样说道:"因为船只不能在中国的海岸露面，一露面就要被一官（郑芝龙）截获，我们三百五十人只好坐困此间，无能为力。"荷兰人狼狈到只剩下"一艘待修补的船只"，只能坐等东印度公司的救援。
福建官府很惘然地发现，无论是官兵还是荷兰人，对郑芝龙清剿的唯一结果，是使郑芝龙的力量更加强大，郑芝龙的军事基地，从台湾岛的西部一直建到了福建的东南海岸，整个台湾海峡实际上已经全部在郑芝龙的控制之下。
对郑芝龙的威胁相比，明朝政府更大的隐患是来自北方的满族人，满族人的后金不仅是一个异族政权，而且他们进攻的方向直接威胁到帝国首都的安全，因此帝国政府将战略防御重点设置于北方，这是必然的。对于战略居于次要地位的福建，朝廷并不想投入太多的军事力量来对付郑芝龙的海盗集团。
1627年的八月，天启皇帝病死，继任的崇祯皇帝大力调整帝国的政策，这使得重新招抚郑芝龙成为可能。第二年，熊文灿被任命为福建巡抚，这个对时局有着比较清醒认识的官员，力主对郑芝龙招抚，并获得了兵部的认可。曾经被郑芝龙俘虏并且释放的水军将领卢毓英被派往劝降郑芝龙。
