颜思齐经营台湾一年的时间，海商基地已经从海岸线向岛内延伸，从北港溪流域拓展到了牛朝溪、八掌溪流域，新开垦土地大大增加，同时新的居住点也不断地增多。船只的数量也越来越庞大，武装力量也变得强大。
颜思齐没有放弃占据日本的雄心，在那个时代，他确实是非常特殊的人物，如果不是因为他意外地英年早逝，那么他的成就远不止此。
"先驱者总是迈不过死亡的门槛"（茨威格语）。
1625年的农历九月，颜思齐前往距离海岸约三四十公里处的猪罗山打猎，返回后的一场大病，让他就此逝世。
这次死亡来得如此突然，给颜思齐本人留下无尽的遗憾，他在临终前对众位兄弟说:"不佞与公等共事二载，本期创建功业，扬中国声名。今壮志未遂，中道夭折，公等其继起。"这句话同时证明颜思齐绝非等闲的海盗，而是一位拓荒时代的英雄，后来他被认为是"开台圣祖"，即近代开拓台湾的第一人。
颜思齐的时代结束了，郑芝龙的时代即将到来。
颜思齐的暴死，使得海内集团的权力斗争变得白热化。
陈衷纪是新首领的有力竞争者，他是当代密谋推翻日本的行动中最卖力的成员，同时也是颜思齐的同乡，这个身份使他与颜思齐的关系非常密切，而且从日本逃亡出来后，也是他提出占据台湾的主张。
但是最后是郑芝龙被推上新首领的位置，在所有的结义兄弟中，郑芝龙的年龄最小，颜思齐死时，他也只有二十二岁，他最终胜出的原因，有各种各样的说法，有的记载离奇得像是天方夜谭，比如说有一种说法，以掷碗来决定首领人选，其他人掷到地上的碗都粉碎，只中郑芝龙掷出的不破；还有一种说法，以拜剑的方式来决定首领，轮到郑芝龙拜的时候，剑居然飞起来。也有的学者从郑芝龙有一位颜姓的妻子这一事实出发，推断这位颜氏可能是颜思齐的女儿，那么郑芝龙便是以女婿的身份来继承首领的位置。
但是更可能的情况，是郑芝龙此时的个人势力，已经是其他人所无法相比，因为他的义父海商巨头李旦先于颜思齐一个月去世，李旦的庞大的船队与资产便转移到郑芝龙的名下，这无疑使郑芝龙的势力徒然膨胀起来。
不论是出于什么原因，郑芝龙将李旦与颜思齐两支最大的海商力量合二为一，东亚最强大的海上力量，由此产生。
下一步，该做什么呢？
拥有权力的人想要的，永远是更大的权力。现在，郑芝龙需要一场战争来巩固和扩展自己得来不易的权力。
长久以来，无论是李旦海商集团还是颜思齐海商集团，都被政府视为非法的武装，或者简洁地说，视为海盗。海商集团与政府的斗争由来已久，郑芝龙一跃成为海商巨头后，也成为政府军所剿杀的首要对象。
郑芝龙要向他的结义兄弟们证明自己的领袖才能，他的首要目标投向了福建。
1626年，郑芝龙率领船队进攻位于福建南部的漳浦县，紧接着又攻打金门与中左所（现在的厦门），然后挥师南下，进攻粤东，取得一连串的胜利。
海盗军队的战斗力令政府军大为吃惊，政府官员在给皇帝的一份报告中，以懊恼的心情写道:"其船器皆制自外番，艨艟高大坚致，入水不没，遇礁不破，器械犀利，铳炮一发，数十里当之立碎。"
海盗的装备居然比政府军的装备还要先进，但比起武器装备的先进，这群海盗更可怕的地方是收买人心。
海盗军队的成员大多来自福建，所以他们只跟政府军对抗，并不杀人放火，郑芝龙对手下喽啰们有几条军纪约束，不准掳掠妇女，不准屠杀百姓，不准放火烧房，不准破坏庄稼，只是遇到富人家便逼他捐钱捐粮。
对于沿海的百姓来说，他们对海盗并没有恶感，很多时候，他们的亲戚朋友中也不乏海盗，郑芝龙的军队每到一处，就竖起大旗，招收当地居民入伍，大批的贫困饥民纷涌入郑芝龙的队伍之中，海盗军根本不担心兵源的不足，还有不少人自愿到台湾岛上进行垦荒。
在与政府军对抗的同时，郑芝龙与荷兰人之间的商业活动并没有停止，荷兰人对郑芝龙有一种好感与信任，可以从一份荷兰人的文书中看到郑芝龙当时的势力有多么强大:"这支有四百只船、七万人的首领名叫一官，他曾在台湾公司当过译员，后来当了海盗，一瞬间获得如此伟大的成就，中国官府对他束手无策，他长期与我们有良好的友谊，我们对他有莫大的信任。"
