1630年（崇祯三年），荷兰人试图进犯厦门，但是却遭到郑芝龙海军船只的偷袭，被迫撤退。荷兰人也深感自己的力量不足同郑芝龙相抗衡，积极寻求盟友，1632年，海盗刘香在小埕之战中败给郑芝龙后，也希望能借助荷兰人的坚船利炮来对抗大明朝的海军，双方一拍即合。
崇祯六年（1633年）六月，荷兰人与刘香联手进攻驻扎在南澳的大明海军，荷兰人的船只比大明海军的船只的性能要优越得多，不仅船体高大，而且航速上也占据优势。这次突袭令大明海军受到不小的损失，荷兰人船上的大炮率先开火，中国海军也开始反击，第一次战斗的结果，中国海军吃了一些亏，被击沉了五艘战船，荷兰人的三艘哨船被击毁。入夜后，中国海军出动五艘战船，在夜幕掩护下偷袭荷兰舰队，焚毁三艘荷兰船只，己方没有损失。南澳海战的结果势均力敌，中国方面阵亡十七人，荷兰方面阵亡人数大体相当。
荷兰人在南澳没有占得便宜，连夜北上厦门岛，此时正值夏季，台湾海峡盛行南风，荷兰人的船只航速又快，所以很快便在第二天抵达厦门岛，对厦门岛的中国海军基地发动突然打击。由于大明将领出现重大误判，以为荷兰人尚在南澳，"中左去南澳数百里，夷船乘风卒至，出于意料所不及"，厦门港的中国海军根本没有做好充分的准备，在荷人兰强大火炮的打击下，损失惨重，其中郑芝龙的船只损失了十艘，其他部的战船损失了五艘。荷兰突袭厦门港取得了重大的成果。
但是在之后一个月的时间里，荷兰人凭借坚船利炮，游弋于东南沿海，遭到中国军队的阻击，也颇有损失，荷兰人第二次进犯厦门岛，这次早有准备的中国守军击沉数艘荷兰船只，并击毙十余名荷兰人，荷兰人仓惶而逃，中国守军出海追击两昼夜，但是追不上荷兰人，没有继续扩大战果。
荷兰人的这一次进犯，令福建巡抚邹维琏大为震怒，认为这"岂独八闽一大患，且为中国一大耻！"邹维琏决心与荷兰人展开海上决战，他于八月中旬亲抵漳州，调集福建沿海的海军舰只，准备反击荷兰人，并亲自部署战斗计划，与郑芝龙等将领研究出一套对付荷兰人的战术，并委派郑芝龙的舰队为前锋部队，高应岳为左翼舰队指挥官，张永产为右翼舰队指挥官，王尚忠为游兵即机动舰队的指挥，刘应宠、邓枢指挥中军舰队。由于郑芝龙的舰只与实力最强，实际这次反击荷兰人的重任乃是落到郑芝龙身上。
在荷兰人偷袭厦门岛一役中，郑芝龙的舰船被击沉了十艘，荷兰人一而再地与郑芝龙对抗，令郑芝龙无比愤怒，即使没有邹维琏的命令，他也想要寻机报复。荷兰人有一个弱点，就是他们的舰队中，有不少中国人，有的作为翻译，有的作为向导，有的作为水手，这使得郑芝龙得以派出间谍潜入其中，掌握其舰队的动向与方位。
九月一日，郑芝龙接到间谍发回的情报，荷兰舰队正停泊于澎湖岛一带，他马上派出将领林显忠率海军主力出海，进逼澎湖。郑芝龙的舰队上的武器装备很多都是西洋货，加上这次突袭的隐蔽性，澎湖一战，取得了令人振奋的结果，击毁一艘荷兰大型夹板船，荷军被杀死与淹死的人数达数百人，并俘虏一名荷兰将领与六名士兵。
吃了败仗之后的荷兰人向南撤退，与刘香的海盗军会合。九月十一日，两艘海盗船在海边停泊时，被中国守军发现，马上冲上去与登岸的海盗厮杀，海盗被杀死五人，其中一人是荷兰人，其余的人跳上船逃生。九月十六日，两艘荷兰战船出现在铜山以东的洋面，把总黄斌卿当即出动七艘战船、四艘火船出击，荷兰人见中国军队人多船多，不敢恋战，一面撤退，一面以大炮还击，中国海军冒死进攻，结果荷兰人的一艘夹板船触礁，这对中国海军真是天赐良机，对这艘夹板船发起猛攻，炮弹、火罐不断落到甲板上，荷兰人不敢恋战，解下小船，弃大船而逃。，中国军队斩杀十三名荷兰人，溺死于海中者不计在内。原本黄斌卿想拖回这艘触礁的夹板船，但此时风大火烈，最后被烧为灰烬。
荷兰人集合了九艘大型夹板船，会同刘香的海盗军（五十艘比较小型、火力比较弱的哨船），重振声势，准备由南往北推进，进窥厦门，显然他们并不甘心被郑芝龙所击败。
对于荷兰人的夹板船，中国的史料有这样的描述:"其舟长五十丈，横广六七丈，名曰夹板，内有三层，皆置大铳外向，可以穿裂石城，震数十里，人船当之粉碎，是其流毒海上之长技有如此者。"由此可见，荷兰人的夹板船相对于中国海军的战船，有着比较明显的优势，特别是其火力相当强大。
大型夹板船上还配备有六、七只小船，这些小船既可充当救生船，也可用于战斗，当时荷兰人的这种海上战术是非常厉害的，当遇到敌船时，就解下小船，每只船上可搭载六、七人，一旦对方的战斗人员把头伸出掩体，经常会遭到这些训练有素的火枪手的狙击，在明代中国海军官兵将他们称为"猫儿眼"。
郑芝龙再度接到间谍发回的报告，详细汇报荷兰人与海盗军的船只数量与动向，郑芝龙马上集合所有的海军船只，到九月十七日，所有船只集结完毕，十九日，荷兰人的舰队抵达料罗湾。郑芝龙与与其他舰队的将领高应岳、张永产、王尚忠、刘应宠、邓枢等人召开了一个海上军事会议，所有将领都认为应当兵贵神速，必须马上投入与荷兰人展开海上决战。各路海军编队均下达作战命令，于二十日凌晨扬帆启航，目标料罗湾。
料罗湾位于金门，将因为这场战争而被载入史册之中。
黎明时分，大明海军的庞大舰队出现在了料罗湾，此时荷兰人也发现了帝国舰队，九艘大型夹板船背靠岸岩一字排开，刘香的海盗军五十艘哨船往来游弋。大明海军分为前锋、左翼、右翼、游兵、中军五个舰队，其中主攻荷兰人的是实力最强大的郑芝龙的前锋舰队，其余舰队的任务是配合郑芝龙舰队围剿荷兰人，以及攻打刘香的海盗船只。
郑芝龙的舰队分三波向荷兰人发动进攻，第一波由参将陈鹏率领，辖郑然、林察、陈麟、杨耿、苏成等人的战船，对荷兰人的大夹板船发起冲击；第二波由哨官蔡骐指挥，作为接应，主要作战任务是焚毁敌船；第三波由哨官林习山指挥，配合蔡骐共同摧毁敌船。
在战船数量上，帝国海军占据明显的上风。参将陈鹏的战船会同其他三艘战船，击毁了一艘荷兰夹板船；郭熹、胡美、林察、等七艘战船围攻两艘荷兰夹板船，后陈鹏、陈麟在击沉敌船后赶来加入围攻行列，最终将这两艘荷兰战船焚毁，并活捉了荷兰将领呷泌啤吧哇；张梧、郑彩、黄胜等三艘船则与一艘荷兰战舰展开肉搏战，将士们跳上荷兰船上与荷兰人厮杀，最后将荷兰人的战船作为战利品掳获。
