以经过第一次招抚被冷落的经历后，郑芝龙更加小心谨慎，他将谈判的筹码抬高了。首先，他要求庞大的军队不被遣散，没有武装实力，他便是一文不名，他提出的理由是用这支军队"剪除夷寇、剿平诸盗"，这一点他也不用过分担心，因为朝廷也需要借助他的力量。其次，他再次强调朝廷应当授予他一定的官职。对于这两项要求，卢毓英表示"定然题保，决不负将军归诚意"，至于军队方面，只是要求郑芝龙能约束自己的部队，"严饬诸人，登岸毋得放纵"。
谈判进行得非常的顺利。由于郑芝龙集团中唯一可对他威胁的陈衷纪在一次海战中，被另一股海盗李奇魁击毙，因而这次归降朝廷，在海盗集团内部并没有遭到强烈的抵制。郑芝龙深谙官场的规则，他同时以大量的银两以及奇珍异宝贿赂福建官员以及朝中政要，这也使得他的要求并没有在朝中引起很大的争议。在正式接受招抚之后，郑芝龙被授予守备职，这虽然不是一个很高的官职，但从此他的海盗集团一变成为合法的政府地方武装，这支武装力量，仍然被郑芝龙牢牢地把握在手中。
郑芝龙没有忘记对自己的基地台湾岛进一步开发，1628年，即崇祯元年，闽南地区遭到大旱灾，由于饥民太多，难以安置，郑芝龙便乘机向熊文灿提议，招纳泉州、漳州数万名灾民，前往台湾岛垦殖，每人发给三两银，三个人发给一头牛，让他们在台湾岛上建立家园，开垦荒地。
这是开拓台湾的一个重要事件，是继颜思齐之后，更大规模的一次开发台湾岛，岛上肥沃的土地、适宜的气候，使得这里一亩地的收成，竟然两倍于大陆，灾民们摆脱了饥寒交迫的窘境，而郑芝龙也坐享其成，收取了大量的田租，这也确保了他对庞大的私人军队的绝对控制权。
虽然郑芝龙的海上力量一枝独秀，但是在东南沿海，仍然存在有其他大大小小的海盗，拥有的船只从两三条到百余条，这些海盗的力量也不可小觑，即便是郑芝龙集团，有时也会吃这些海盗的暗算而吃亏，其中最典型的例子，就是郑芝龙集团的第二号人物陈衷纪死于李奇魁的海盗集团之手。
郑芝龙第一个将目标锁定了李奇魁，并在当年打败了李奇魁的舰队并在战斗中将其斩首。
这次海战的胜利，使福建巡抚熊文灿深信招抚策略的成功，他希望郑芝龙的力量，能成为捍卫东南的海上长城。他与前任巡抚不同，体现出应有的慷慨，将郑芝龙提拔为参将。
李奇魁集团的灭亡，使郑芝龙赢得了朝廷的信任，同时他的虚荣心也不断地滋长，他在晋江安平，离他家乡石井仅有十余公里距离的地方，购置了大片的土地，他聘请了最好的园林设计师与最好的工匠，来负责豪宅的规划与施工，这片占地面积达到一百三十八亩的大府院落，将象征着他的财富与地位。
在多年的漂泊、流浪与征战之后，郑芝龙已经不再是海盗，而是有身份、有地位、有财富的政府正式官员，虽然他实际上更应该称为雄据一方的军阀，这使他的生活比以前要安定，也多了闲情雅致，他怀念着远在平户的妻子田川氏以及他的儿子福松，是把他们接回家乡，全家团聚的时候了。
在此之前，郑芝龙有没有返回去日本平户去看望母子俩呢？可能有。
虽然史料缺少这方面的纪载，但是一个无可争议的事实，是田川氏在1629年产下了第二个儿子，这表明在一年前即1628年时，郑芝龙应该曾经返回平户。我们查阅史料，郑芝龙是在1628年的七月被朝廷所招安，那么他前往日本的时间应该是在1628年的上半年。虽然郑芝龙曾经参予企图推翻幕府的行动，但此时的他已经是东亚最大的海商集团的领袖，日本政府应该已经不去追究他当年的行为了。
但是也有另一种说法，称田川氏的第二个儿子并不是郑芝龙的骨肉，这意味着田川氏在平户还曾经有过外遇，似乎有某些理由支持这种说法，比如她的第二个儿子完全是日本人的名字，叫七左卫门，后来在福松与田川氏都先后到了中国，但七左卫门却始终留在日本。
1630年五月，已经被大明政府倚为海上长城的郑芝龙在连续剿灭海盗之后，他的仕途一片光明，是到了迎回田川松母子二人的时候了。此时郑芝龙的武装集团，已经从二十八人的集团演变为郑芝龙的私人武装，他在军队中大量安插自己的同族兄弟，成为一支名符其实的"郑家军"，郑芝龙派遣自己同族同辈兄弟郑芝燕抵达平户，与日本平户当局交涉。此时的日本锁国的政策越发明显，幕府发布的政令严禁日本人离开日本，当平户当局将郑芝燕带回田川氏与福松的请求提交给幕府时，遭到幕府的一口拒绝，沮丧的郑芝燕不得不暂时居住在翁昱皇家中，并派人通知了郑芝龙。
勃然大怒的郑芝龙的第一反应，就是率领庞大的舰队进攻日本本土，拥有西太平洋最强大海上力量的他根本不把这些东夷人放在眼中，但是这种念头转瞬即逝，因为他现在不再是一支逍遥自在的海盗船队的首领，而是一名堂堂的大明朝的海军将领，虽然连续击破李奇魁与二杨，但另一个强大的海盗头目刘香尚未落网，而荷兰人也虎视眈眈，企图在他疏于防患之时反咬一口。
郑芝龙强捺怒火，他决定对幕府软硬兼施、双管齐下。几个月后，他的另一个同族兄弟郑芝鹗率六十名壮士，身着戎装，船上配置精良的武器，经过数日的航行，抵达平户。平户当局大为震动，以为大明海军即将进攻日本本土，郑芝鹗与日方交涉，说明来意，要求日方立即遣回田川氏与福松母子俩。平户当局推托幕府的政令难以违抗，郑芝鹗当即要求见幕府将军德川家光。
德川家光是德川幕府的第三代将军，郑芝鹗昂然面对这位日本的实际统治者，他取出一幅事先准备好的画卷，上呈给德川家光。德川家光令人展开画卷，只见卷上所画的是一艘艘艨艟巨舰，迎风破浪，船上的战士整装待发，利刃在手，真是雄赳赳气昂昂。德川家光大惊失色，连忙问这幅画卷所指何意，郑芝鄂傲然回答道，郑芝龙手握十万大军，千艘战舰，如果幕府顽冥不化、一意孤行，将迫便海上霸主不得不以武力强行解决。
