洪云蒸看到这种情况，冲着郑芝龙高呼道:"我矢死报国，公匆失战机。"说罢挣脱左右海盗兵，准备跳海自尽，刘香大怒，拔出刀子往洪云蒸身上就是一刀，洪云蒸当即身亡。
洪云蒸一死，郑芝龙也没有顾忌了，立即下令向刘香的船只发起进攻。刘香毫不示弱，也将船队全部投入作战，这两支中国最强大的海上力量展开厮杀，但无论任何一方，都不能获得绝对的优势，战斗持续了一天，仍然分不出胜负。
双方鸣金收船，郑芝龙的舰队停泊于赤湖，而刘香舰队仍然停泊于田尾洋。
多年的海盗生涯，使郑芝龙在水战方面积累了丰富的经验，他视察了赤湖的港湾地形，发现这个港湾对自己非常不利，因为这里处于下风向，而且半夜时涨潮，这样海盗舰队很可能用利用顺风与涨潮的优势，在夜半时发起袭击。郑芝龙当即调整部署，命令郑芝豹带几艘船往来游弋巡逻，郑芝虎带五艘船停驻于前湾戒备，一旦发现敌军偷袭，立即放起连珠火箭，向港湾内的主力舰队发起警报。所有船只均不得拉下船帆，船上的火炮与弹药均要处于战备状态，军士不得卸下身上的铠甲。
事实证明，郑芝龙的判断极为准备，历年的海上战斗使他锻炼为一名优秀的海军将领。在刘香一方，也有人发现郑芝龙舰队停靠在一个不利位置上，这个人便是刘香手下的第一勇将李虎三，李虎三对刘香说:"郑芝龙恃勇，不懂得水战，将船泊停靠于赤湖，主公可点齐船只，多设火器，俟夜半水起，乘潮顺风冲去，芝龙可擒。"刘香对李虎三的这个作战建议相当欣赏。
夜晚二更时分，正是涨潮时间，刘香率全部的船队，扬帆起航，乘风破浪，直奔赤湖，准备突袭郑芝龙。李虎三作为海盗军的前锋，冲在最前头，行至半途时，侦察员来报，前面发现有一条黑影，看样子好象是一艘船。李虎三吃惊地说:"郑芝龙的船只都停泊于赤湖港，这里怎么有船呢？传令下去，各船严密提防，听我的炮声，一齐赶杀。"
这艘船正是郑芝龙派往巡逻的兵船，舰长郑芝彪，此时他也发现了对方的船只，马上通告水手:"不出所料，今果来矣！马上扬帆，安炮守候，听我的口令，一面攻打，一面放起连珠火炮。"
此时李虎三的坐船一马当先，冲在最前，朝着郑芝彪的船只大喝道:"前面何船？"郑芝彪并不理会他，而是命令水手向海盗船开炮，同时用连珠火炮发出信号，通知附近的郑芝虎、郑芝豹的船队，以及停泊于港湾中的主力舰队。
由于事先郑芝龙做好了充足的准备，所以这次反击的速度之快，远远出乎刘香与李虎三的意料，很快郑芝龙的海军倾巢而出。虽然刘香的海盗军占据顺风的优势位置，但是黑夜令这种优势荡然无存，两支军队在黑乎乎的海面上混乱厮杀，有时甚至根本分不出敌我船只，直到天色渐明，能够清楚看清对方的船只，才慢慢恢复了秩序
这场大海战从半夜一直激次到中午，几乎战斗了十二个小时，双方筋疲力尽，只得稍事休息。这场一场艰难的战事，郑芝龙高度评价对手在战场上优异表现，认为刘香是一位优秀的战术家，在指挥调度战船上有着杰出的才能，而李虎三的勇猛表现也令郑芝龙赞不绝口。
郑芝龙对刘香、李虎三的称赞，激发了他的弟弟郑芝虎的斗志。郑芝虎不以为然地说:"此贼有何难破？待吾擒他。"说完之后，郑芝虎带着自己的战船，突入刘香舰群之中，直冲向刘香的旗舰。刘香也甚是骁勇，见郑芝虎前来，也命令开船迎头而上，郑芝虎手持藤牌，口衔大刀，见刘香的船靠近，大喝一声，从自己船上的甲板跳到刘香的船中，然后持着大刀便是乱砍一阵。
郑芝龙见自己的弟弟独闯敌阵，赶紧下令全面出击。郑芝鹄的战船也向刘香的旗舰发起攻击，刘香船上的大炮击中郑芝鹄的船，顿时爆炸，郑芝鹄当即被炸死，不一会儿的功夫，这艘船沉入海底。郑芝蟒的船也靠近刘香的旗舰，从船上抛出火罐，刘香的船燃起熊熊大火。眼看大头目的船只受到围攻，李虎三赶忙驾船前来营救，此时，郑芝豹的船从后面逼近李虎三，一发大炮命中李虎三的船只，当场将舵手炸死，并且引起大火，火势很猛，李虎三来不及扑救，情急之下跳入海中，最后溺死。
此时刘香船上的火越烧越大，在船上苦战的郑芝虎与刘香均无法脱身，最后两人竟然都被大火烧死。刘香、李虎三相续战死，海盗们群龙无首，郑芝龙乘胜又击毁数艘海盗船，然后发出招降的信号，除了一艘海盗船逃脱之外，其余的刘香残部全部投降。
自此，在台湾海峡以及广东近海地区，没有任何海盗力量可以同郑芝龙相较量，但是郑芝龙并非没有对手，他还有一个危险的敌人，那就是拥有近代化武器装备的荷兰人。
二、力挫荷兰人
荷兰人作为一股来自欧洲的殖民力量，曾经与郑芝龙集团保持良好的贸易伴伙关系，但对荷兰人来说，没有永远的朋友，只有永远的利益。在郑芝龙被朝廷招抚之前，荷兰人曾经协助大明军队围剿郑芝龙，但被打得丢盔弃甲，狼狈不堪，战后遭到郑芝龙的强烈报复，多艘荷兰人的商船都被郑芝龙所扣留。
郑芝龙归降政府之后，仍然掌控着台湾海峡的贸易，与荷兰人达成某种程度的谅解，便归还所扣留的部分荷兰船只与货物，荷兰人也在郑芝龙剿灭李奇魁与钟斌的战争中，出过不少力。郑芝龙允许荷兰人的船只停泊于厦门港，然而荷兰人与中国的贸易，仍然必须通过郑芝龙，这对荷兰人来说，实为无法忍受。郑芝龙的势力过于庞大，对荷兰人来说，始终是一个贸易上的巨大绊脚石，高傲的荷兰人不愿意屈服于郑芝龙的海上霸权，这样一来，郑、荷之间的矛盾便越来越大。
