【芝龙剃发降虏，成功焚衣从戎】
此时的郑芝龙既荣且贵，要说他还有什么遗憾，大概就是还没有列土封侯，成为像松浦隆信那样的藩主吧。
另一方面，中国翻天覆地的巨变即将来临，对郑芝龙而言，也是新机会的开始。
1644年，闯王李自成攻破北京，崇祯帝自缢，结束了明朝276年国祚。不久，清兵入关，中原成了女真族的天下。南方诸臣听闻噩耗，在争吵混乱中拥立了昏庸荒淫的福王朱由崧在南京即位，次年改年号为弘光。郑芝龙在此时被封为南安伯。不过弘光元年才到五月就因清军攻破南京而覆亡了。闰六月，福建巡抚张肯堂、巡按御史吴春枝、礼部尚书黄道周，与南安伯郑芝龙、靖虏伯郑鸿逵（芝龙弟）在福州拥立唐王朱聿键，年号隆武。
其实郑芝龙对拥立一事是不情愿的。尽管郑芝龙被唐王封为平虏侯，不久又加封为定国公，但对他而言，这些封号其实颇为空洞，因为偏安一隅的唐王政权几乎完全仰赖郑芝龙个人的武力与财富来维系，而清军渡江后势如破竹，手段惨烈，眼看就要一统天下，隆武朝上则终日文臣武将内斗不休。精明如郑芝龙者，岂能不知大势之所归?
另一方面，郑芝龙一生漂泊海上，周旋于日本、葡萄牙、荷兰等国商人之间，他的价值观与讲究民族气节、国家大义的明代文人自然大异其趣。因此当郑芝龙同乡洪承畴等人来信招降，许以闽粤总督之职，他走向降清之路也就顺理成章。这样，他与信仰不同的儿子郑成功必然走上决裂一途。
据说郑成功自幼“风仪秀整，俶傥有大志”，读书不治章句，喜读《春秋》与《孙子兵法》，读书之余还舞剑骑射。11岁时，老师以“洒扫应对进退”为题，嘱其作文，郑成功写道:“汤武之征诛，一洒扫也；尧舜之揖让，一应对进退也。”让老师大为惊奇。
郑芝龙一日带成功晋见隆武帝。隆武见他仪表堂堂，谈吐不俗，甚为激赏， 说:“惜无一女配卿，卿当尽忠吾家，无相忘也。”当下赐姓朱，赐名成功，封御营中军都督，赐尚方剑，仪同驸马。从此中外皆以“国姓爷”相称。1646年（隆武二年），隆武封成功为忠孝伯，挂招讨大将军印。
郑成功对隆武的知遇之恩极为感念。终其一生他都始终只用“招讨大将军”名号行事，即便后来的永历帝封他为镇远侯、漳国公、延平王，他都未曾改变。但隆武所封的忠孝伯爵名对郑成功却是一种讽刺，因为此后郑成功再也挥不去忠孝不能两全的梦魇。
这一年清军攻克两浙，直逼八闽。郑芝龙在压力下勉强派兵出仙霞关，但以粮饷不济为由，出关三四里，虚晃一招就引兵而还。八月，隆武御驾亲征，却在汀州被俘驾崩。郑芝龙此时早以取饷为由，飘然海上。十一月十五日，郑芝龙不顾郑成功的再三哭谏，投降满清。
郑成功此时已听从叔父郑鸿逵之劝，遁走金门。郑芝龙来信要成功一并降清，成功回书说:“从来父教子以忠，未闻教子以贰。今吾父不听儿言，后倘有不测，儿只有缟素而已。”
果然郑芝龙可能连闽粤总督的官印还未见着，就被满清贝勒博洛连夜挟持，送往北京。15年后，郑芝龙在北京伏诛，终究没有摆脱与王直一样的下场。郑芝龙剃发降清后，家人以为无需戒备，不料不久后，清军攻入安平，大肆掳掠，成功母田川氏（应在当年才自日本接至安平）也因此丧命。
