他在平户结识一位当地的少女并结成连理，这位女性的身份众说纷纭。
她的父亲应该是来自中国泉州的冶金工匠翁昱皇，可能因为入赘到姓田川的家中，因此女儿从母姓，但在郑氏各个版本的族谱中，都将她记载为翁氏。有些说法认为田川小姐是被翁昱皇收养的，又有说是“长崎王女”，或说田川氏是松浦家的家臣。郑一官与田川小姐住在平户港南边的河内浦。
不平凡的郑成功就在平户乡间那如今看来平凡的海边诞生，并在有日本血统的母亲呵护下，度过了幼年时期。他或许与父亲一样，曾习得日本刀法，或许在平户种下了至少两棵树（各有后人立牌为志），家里或许还曾有过香炉与刻有郑氏二字的铜质印章（现存松浦史料博物馆）。他与母亲的关系应当十分密切，因为在他后来回到中国后，时常面对东方思念母亲而叹息不已。而他的父亲，这时刚刚开始自己的海上霸业，这份霸业也将是郑成功事业的基础。
【郑芝龙海上兴霸业】
就在郑成功出生的那一年，他的父亲去了台湾。有文献说，郑一官在这一时期与长崎的旅日华侨领袖、福建海澄人颜思齐过从甚密，并参与了颜思齐想要攻占长崎的武装行动，起事前行迹败露，于是与颜等同伙共28人逃往时为“海上荒岛”的台湾，以此为根据地从事海盗的行当，同时改名为郑芝龙。
有学者质疑颜思齐可能并无其人，此人其实是住在平户的海商泉州人李旦，郑是被李旦派往澎湖作荷兰人的通事。但无论郑芝龙依附的是颜思齐还是李旦，不久之后都因病身亡，他们留下的财产与人马，都被郑芝龙所接收。
1626年，郑芝龙开始步王直的后尘，大肆掠夺福建金门、厦门，以及广东靖海、甲子等地。当时中国东南沿海饥荒严重，“乡出草根树皮食尽。而揭竿为盗者，十室有五”。郑芝龙借此机会大幅扩张了他的势力。
但即使这时，也能看出郑芝龙并非一般的海盗，而是另有雄图。他约束手下“不许掳妇女、屠人民、纵火焚烧、榨艾稻谷”。在当时同安知县给福建巡抚的文书中说他“所到地方但令报水（即通风报信），而未尝杀人。有彻贫者，且以钱米与之”。由此看来郑芝龙颇有劫富济贫的“义贼”风范。明廷此时在东南的军事实力已经大不如前，对郑芝龙束手无策，便想起招安的办法来。
1628年（崇祯元年）时郑芝龙已拥有部众3万余人，船只千余艘。他大破明军于金门、铜山（今福建东山），从此纵横海上，明军无人敢挡。不过到了九月，郑芝龙就接受了福建巡抚熊文灿的招抚，率部众投降明朝，自己干了个“海防游击”的小武官。
