被判处有期徒刑15年
潘汉年被捕的那天，1955年4月3日，押送他的小车将他带到了公安部直属的功德林监狱。潘汉年在这一直呆到1960年3月，度过了将近五年。1960年3月，隶属于公安部的另一座监狱——秦城监狱刚刚落成，潘汉年就被移送到那里。
1963年2月，在秦城过了两个秋冬后，潘汉年终于等来了一个结案的判决通告。事情的经过大抵是这样的：1962年，在国内各方面政策有所调整的政治氛围中，毛泽东在1月30日七千人大会上所作的那篇著名的“宽松性讲话”中，再一次公开提到了潘汉年。他说：“有个潘汉年，此人当过上海市副市长，过去秘密投降了国民党，是一个CC派人物，现在关在班房里头，但我们没有杀他。像潘汉年这样的人，只要杀一个，杀戒一开，类似的人都得杀。”
根据这些精神，1963年1月9日，最高人民法院宣布终审判决：判处潘汉年有期徒刑15年，剥夺政治权利终身。不久，根据宽大处理的原则，最高人民法院又先后下达了《执行书》、《刑事裁定书》，宣布了潘汉年的刑期及开释的具体时间；鉴于潘汉年在押期间认罪服法、确有悔改之表现，而且服刑期已超过刑期二分之一以上，宣布将潘汉年予以假释，交公安机关管制。
和爱妻相聚在团河农场
1963年2月13日，潘汉年以“刑释管制分子”的身份走出了秦城监狱。在公安部的安排下，转移到了劳改农场——北京市南郊大兴县境内的团河农场。在农场他终于见到了日思夜想的爱妻——董慧。
董慧在潘汉年被捕后第46天，即5月19日也被逮捕，也被关进了功德林，只是狱方让他们绝对隔离，所以他们谁也不知道对方的半点音讯。在潘汉年移至秦城监狱后，1962年6月，董慧也以“参与潘汉年内奸活动”罪而被结案处理，并获得了“免于追究刑事责任”的宽大处理，被安排在秦城监狱的家属宿舍里，至此，两人才知道了对方的下落。待到潘汉年走出秦城，到了团河农场后，董慧也来到了他的身边。
