崇祯皇帝处死袁崇焕还有一个原因，那就是袁崇焕与后金的和议。努尔哈赤死后，袁崇焕未经朝廷允许，私自派使者吊唁。后金皇太极趁机遣使回复，谋求议和。当时，尽管明朝军队屡战屡败，但基于天朝尊严，“诸将罔敢议战守”。虽然袁崇焕的和议战略上完全正确，而且崇祯皇帝起初也同意，但这种与皇太极关于和议的私下书信往来，让崇祯皇帝产生了怀疑。
崇祯二年（公元1629年）袁崇焕被逮捕入狱，囚禁审讯半年后，崇祯三年（公元1630年）八月，崇祯帝以“袁崇焕咐托不效，专恃欺隐，以市米则资盗，以谋疑则斩帅”等罪名将袁崇焕处死于西市。不明真相的京城百姓对袁崇焕恨之入骨，“刽子手割一块肉，百姓付钱，取之生食。顷间肉已沽清。再开膛出五脏，截寸而沽。百姓买得，和烧酒生吞，血流齿颊”。
中国历史上有两大最高统治者冤杀武将，从而自毁长城的冤狱。一是南宋第一任皇帝宋高宗不思恢复故土，以“莫须有”的罪名冤杀岳飞；一是明末崇祯皇帝错杀袁崇焕。宋高宗冤杀岳飞毕竟有其私心，他不能容忍岳飞要迎接被俘虏的皇帝回朝的论调，害怕失去自己的皇帝宝座。崇祯皇帝错杀袁崇焕则是自取灭亡，“自崇焕死，边事益无人，明亡征决矣”。
