实际上，此时的辽东边境上后金在军事力量上已经占据了优势，袁崇焕的许诺仅仅是为了安慰年轻的皇帝，但是崇祯皇帝却信以为真。崇祯二年（公元1629年）春，蒙古部族发生大饥荒，请求开放边境贸易，于是袁崇焕上奏要求开放市场，试图通过税收来资助军队，从而减轻朝廷的军饷负担，但崇祯皇帝发布诏书斥责说：“你与蒙古贸易，这不是明摆着拿物资资助贼寇吗？这怎么能容许？”袁崇焕对此不以为然：“关外市场贸易，只允许用米布交换柴草，违禁物品，依法严禁，而且他们保证不与贼寇（后金）相通。他们都说：‘家中空空如也，如果再不进行边境贸易，用什么来养家糊口呢？’他们愿意用妻子作为人质，断不敢诱导贼寇侵犯蓟辽。”但在后来的后金军队对北京城的围困中，为后金进攻北京带路的，恰恰就是这支袁崇焕在奏章中认同“断不敢诱奴入犯蓟辽”的蒙古部族。因此，虽然袁崇焕力解北京之围，崇祯皇帝也对袁崇焕进行了奖赏，但之前发生的毛文龙事件，加上这次后金军队的骚扰，使得崇祯皇帝内心深处对袁崇焕已有所不满。
毛文龙是明朝边境的地方军阀，他率部在皮岛（今椴岛）至长山列岛之间流动抗击后金，同时联络山东登州一线明军协同作战，遥相呼应，构成犄角之势，一度遏制了后金军的西进和南下。尽管如此，毛文龙的部队独处海岛，朝廷很难节制，毛文龙的部下官员也有贪污、冒认军饷的行径。由于毛文龙不听调遣，崇祯二年（公元1629年）六月，袁崇焕以谈饷阅兵为名，将毛文龙诱骗至旅顺双岛的一处古庙中，将其拘捕，历数其“冒饷饰功”、“不受节制”等12条罪状，当众以尚方剑将其斩杀。毛文龙被杀后，后金军队所受牵制大大减少，崇祯皇帝听到毛文龙被杀的消息“意殊骇，念既死，且方倚崇焕，乃优旨褒答。俄传谕暴文龙罪，以安崇焕心”。但他对袁崇焕“优旨褒答”，仅仅是在毛文龙被杀的既成事实无法改变的情况下的无奈之举。
