首先是袁崇焕失去了崇祯皇帝的信任。崇祯皇帝与历史上的亡国之君比较起来，可以说并不是那么昏庸，甚至“即位之初，沈机独断，刈除奸逆，天下想望治平”。无论是朝野大臣还是平民百姓，都对他寄予了很大的期望。但是，崇祯皇帝却是一个多疑刻薄、刚愎自用的皇帝。崇祯皇帝即位的时候，大明王朝内部被魏忠贤阉党集团搞得一团混乱，派别林立，同时后金的军事力量不断骚扰明朝边境，甚至能长驱直下威胁北京。立志有所作为的崇祯帝不禁“临朝浩叹，慨然思得非常之材，而用匪其人，益以偾事”。对那些他抱有很大期望的大臣，他先是授以大权，而如果他对这些大臣失望，便切齿愤恨，必杀之而后快。因此崇祯皇帝在位17年，所杀的大臣不计其数，其中总督有7人，巡抚有11人。内阁重臣更频繁替换，先后用了近五十人。
崇祯皇帝起初对袁崇焕是非常信任的。4月他即位后，7月他就召见袁崇焕，咨询平定辽东的方略：“你不远万里应召来京，忠心耿耿，义勇可佳。希望你把平定辽东的方略，详详细细地禀奏上来。”袁崇焕回答道：“平定辽东的方略已经全部写进了奏章。臣受到陛下的宠爱，感激涕零，我请求能够得到皇上恩准，我受命在外的时候，可以根据辽东情况斟酌处理平辽大事。如果能够得到皇帝的恩准，臣冒昧地认为，我用五年时间就能够全部恢复辽东疆域。”崇祯皇帝非常满意袁崇焕的答复，对袁崇焕许诺说：“如果你能够恢复辽东故土，我不会吝惜封侯的奖赏，你对朕尽心尽力，你的子孙也会因此受到奖赏！”袁崇焕出关时领有480万辽饷，其中米180万石，另发内帑120万、铠甲40万具，红夷大炮10门，其他弓箭军械无数。到任后，他立即加强防守，准备收复失地，安抚流亡平民。同时裁汰军队，试图练出一支精兵，并将蓟州精锐部队充实到辽东防线。
