张竞生将自己的学说统称之为“美的学说”，提倡“性格刚毅、志愿宏大、智慧灵敏、心境愉快的人生观”；主张学习美国的经济组织法和日本的军国民组织法，认为这样可以使中国“臻于富裕之境”，“进为强盛之邦”。他还曾在《晨报副刊》上发表著名的“爱情的四项定则”：一、爱情是有条件的；二、爱情是可比较的；三、爱情是可以变迁的；四、夫妻为朋友之一种。观点亦颇为新颖超前。梁启超、鲁迅、许广平、孙伏园等都很有兴趣地参与了这场争论。无论反对还是支持，总归是仁者见仁，智者见智。令人慨叹的是当时风气的开放，与我们头脑中预先的设想实在是相去甚远，也可见那时的大学和社会，学术研究是很少有禁区的。此外，张竞生还曾担任过“北京大学风俗调查委员会”主任委员，并于1926年5月以性育社的名义出版了《性史》(性育丛书第一集)。
北大还有一个特色，就是专有许许多多奇奇怪怪的课，在别的学校绝不会开的，例如梵文，例如佛学。有学生回忆说：“北大经常用最重的待遇礼聘这种绝学的学者，一年只开一门课，每星期讲一两点钟，而这种课常常只有一个人听。这在经济的算盘上讲，也许是不划算的，但是我们不要忘记北大是全国最高学府啊，这里再不养这种专家，则中国文化的某一方面也许就绝种了。”(摘自《过去的大学》)
北大在蔡元培任上就有了学生自治，这个传统也是开创性的。蔡元培鼓励学生组建自己的社团，傅斯年和罗家伦组织了新潮社，许德珩和其他学生组织了国民社，还有比如毛泽东在北大参加过的新闻研究会等等。这些社团除开展一些活动之外，还举行其他一些文化活动，比如出书、办各种刊物等，都得到了蔡元培的支持。他鼓励学生们藉其所参加的社团来互相砥砺，让北大校园从此呈现一种争奇斗艳、各抒所见的风气和面貌。
1912年，蔡元培发表《对于新教育之意见》：“政治家是以谋现世幸福为其目的，而教育家则以人类的‘终极关怀’为其追求。故而前者常常顾及现实，而后者往往虑及久远。”次年，他又提出：“教育事业应当完全交与教育家，保有独立的资格，毫不受各派政党或各派教会的影响。”
蔡元培在大学的领导体制上亦有不凡创新。他在北大推行教授治校，即由教授自己来管理学校，这在当时中国自然是史无前例的。北大在他的授意下成立了评议会，作为学校最高的立法机构，决定学校的大政方针。这个评议会的成员，大多是学校里的教授，这些成员亦是由教授自己选举产生，任期一年，年满可以连选连任。各系的教授会也是这种情况，全部由选举产生，教授之间互选产生一名主任。这样，学校的教学、教务工作，全部是由教授会、评议会来决定，校长说了不算，只起后勤保障作用，为教授们服务。
蔡元培为《教育大辞书》所写“大学教育”词条里这样写道：“近代思想自由之公例，既被公认，能完全实现之者，却惟大学。大学教员所发表之思想，不但不受任何宗教或政党之拘束，亦不受任何著名学者之牵制。苟其确有所见，而言之成理，则虽在一校中，两相反对之学说，不妨同时并行，而一任学生之比较选择，此大学之所以为大也。”对思想自由的捍卫之苦心可见一斑。梁漱溟曾说：“核论蔡先生一生，没有什么其它成就，既不以某一种学问见长，亦无一桩事功表现”，“只在开出一种风气，酿成一大潮流，影响到全国，收果于后世”。
蔡元培的个人品德亦无可挑剔。1912年，他和李石曾等人曾经发起过一个“进德会”，定下三条基本戒条：不赌、不嫖、不娶妾；五条可以选认的戒条：不作官吏、不作议员、不饮酒、不食肉、不吸烟。他到北大后，也提倡进德会的这些戒条，吸引了不少老师、学生参加，他自己也身体力行。他把进德会会员分几个等级，自己列名为乙种：除了做到不赌、不嫖、不娶妾，还做到不做官、不做议员两条。戒酒、戒肉、戒烟他不能完全做到。全部八条都能做到的是甲种。追念斯人，总会让我们想起一首令人惘然的小诗：
无论岁月的尘埃如何起落飞扬，黯淡了多少偶像的色彩；无论时间的流水如何一去不返，动摇了多少权威的根基；既非权威、亦非偶像的蔡先生却魅力不减，风神依旧；因为，自有后来者“以口为碑，以心为碑”。
——林语堂《想念蔡元培先生》
说完了老北大，再说说新青年。位于北京市东城区沙滩附近的北大红楼，是我国著名的“五四”运动的发祥地。在北面相距不远的地方有一条窄巷，名为“箭杆胡同”，赫赫有名的《新青年》编辑部旧址就在那里。1917年1月，陈独秀应蔡元培聘请担任北京大学文科学长，从上海搬到北京，就是将这里做为他的住所兼编辑部。
陈独秀准备自办杂志的想法，由来已久，1914年他就曾对老朋友汪孟邹说：“让我办十年杂志，全国思想都全改观。”1915年9月，他在上海筹办《青年杂志》，在创刊号发表《敬告青年》的寄语，向青年提出“自主的而非奴隶的”、“科学的而非想象的”等六项建议。一年后，刊物正式改名为《新青年》。
《新青年》可算得是二十世纪中国历史潮头的伟岸一峰。“独秀”之名即源于其原籍城外的一座独秀峰，是陈独秀先生1914年始用的笔名。这本杂志足以让今天的读者体会到九十年前中国知识界、思想界的对外开放程度，以及睁眼看世界的水平。第一期杂志共登各类文章十八篇，有时政评论文章，着力于西方文化思想的评介和中西文化之比较，如陈独秀作《法兰西人与近代文明》、高一涵作《共和国家与青年之自觉》、汪叔潜作《新旧问题》等；有阐述西方近代化历史的文章，如《现代文明史》、《世界说苑》等；有综述样式的中外大事记；还有屠格涅夫的著名小说《春潮》，搭配得很是合理。
杂志中有的译作采用了中英文对照的方式，既使读者了解西方，又便于学习英文。所有的这些作品或撰或译或编。主编陈独秀兼通日、英、法数国文字，介绍起西方来，可谓游刃有余。这些文章对于国人认识世界、更新观念、奋发图强，大有助益。这一期的《青年杂志》上还刊登了美国钢铁大王卡内基的长篇传记，他的半身像印在封面正中，作为“艰苦力行之成功者”的典范示于中国青年。《青年杂志》对卡内基予以高度评价，认为“卡氏非独实业界之英雄，抑亦学术界之恩人，思想界之伟人也”，试图用这样的成功人士，来作为中国青年的榜样。
《世界说苑》介绍了当时德国从德皇威廉二世的生活趣事，潜移默化地使国人看到自己在文化方面与先进国家的差距，就算是今天读起来，也依然让人颇生感慨。德皇和皇后皇子到离宫去，都是自驾汽车，无任何特定仪式。离宫所在村子的村民如果知道德皇来了，会有一二十个少女手持国旗、口呼万岁，在道边欢迎一下，但也就仅此而已。皇后一定会和少女们一一相吻表示感谢，德皇也会挥动帽子向大家致意。在离宫周围，威廉二世拥有自己的田产和陶业制造场，离宫周围的村民大多靠为离宫工作谋得生计，但他们只把威廉二世视为离宫的主人，并不把他当作帝王。德皇在别人工作时，喜欢指手画脚，当然往往是外行指挥内行，便有较真的人非要与他理论，辩出个是非曲直来，竟然闹上了法庭，由审判官裁决。最后威廉二世被判败诉，承担了赔偿金。这种事情对于有着两千多年封建专制历史的中国与其民众而言，当然是闻所未闻。
