果然不出周恩来所料，赵丹等人进入新疆时日不长就遭受了反动军阀盛世才的迫害。赵丹抵达新疆迪化的第一日，茅盾、张仲实两人来招待他们，劈头一句话就是:“没想到你们会来得这么快！你们抱的希望太高了，恐怕要落空，不要说是建立电影厂了，连平时拍张照片都有人盯梢的。” 一切与赵丹所设想的截然相反，盛世才对建立电影厂没有丝毫兴趣。1939年，赵丹没能去苏联学习，而是被滞留在“新新疆文化运动委员会”，演出了《战斗》等话剧。1940年8月，盛世才投靠国民党，并以“阴谋活动罪”将赵丹一行打入大牢。在狱中，他们受尽折磨，吃尽苦头，一关就是5年。
后来国际形势发生了变化:盛世才放弃苏联，转身投靠英美。他封闭了苏联领事馆，把在新疆的苏联人统统赶回去，公开登报宣布自己的错误，说自己从前跟苏联、跟唯物主义是错的，从此“信仰”三民主义了云云。国民党决定把盛世才调往重庆，派张治中去领导新疆。盛世才在临走之前，本想劫洗监狱。他派人用火油浇遍了牢房，准备放火烧监。为此，周恩来和阳翰笙多方设法营救共产党人。张治中在到新疆之前曾受共产党和周恩来的委托，要保护新疆狱中的共产党人。此事被人发觉之后，汇报给张治中。张治中立即制止了盛世才这一行动，牢中的3000多人幸免葬身火海。释放时，张治中遵守诺言，让中共的人回延安，从重庆来的回重庆。
赵丹走出监狱时已是1945年冬天。他和其他共产党人九死一生，终于从新疆回到重庆。到重庆的第二天，周恩来亲切接见了赵丹。周恩来、邓颖超和郭沫若还专门为从虎口脱险的这几位幸存者举行了丰盛的宴会，给他们压惊，以示慰问。
主演《武训传》挨批时 周恩来挺身保护
1950年底，由孙瑜编导、赵丹主演的历史巨片《武训传》(上、下集)，历经反复的修改加工，终于封镜完成。随即在全国公映，这是赵丹在新中国成立后主演的第一部影片。1951年2月21日晚，《武训传》在中南海首映。周恩来、朱德、胡乔木等中央首长均来审阅。朱老总当即肯定了《武训传》的教育意义。周恩来认为“此片除了少许艺术方面的缺陷，主题十分积极、向上。”《武训传》上映后，引起了两种截然相反意见的争论。赞扬者认为，这是“一部富有教育意义的好电影”，武训是“永垂不朽值得学习的榜样”。批评者认为，电影《武训传》是一种“缺乏思想性有严重错误的作品”、“武训不足为训”。
1951年5月20日，《人民日报》刊登了一篇《应当重视电影<武训传>的讨论》的社论。社论开宗明义:“电影《武训传》的出现，特别是对于武训和电影《武训传》的歌颂竟如此之多，说明了我国文化界的思想混乱达到了何等的程度!”
1951年夏，江青参加武训历史调查团，亲自带人到冠县进行调查。从山东回到京城后，判处了武训和电影《武训传》的“死刑”。7月23日，《人民日报》上一篇署名“李进”的长篇文章《武训历史调查记》，让这部电影一夜之间成为人民批判的对象。赵丹想不通，后来他吃惊地知道，原来那个曾和他同台演出《娜拉》的蓝苹已经变成了江青。事情还不止于此，就在孙瑜、赵丹等人戴上了“坏分子”的大帽子后，全国性的《武训传》大批判成为建国后发动的第一场全国规模的政治运动，它从电影发端，横扫整个思想文化界，批判持续一年多。《武训传》也被禁止上映，成为新中国首部禁片。此后整整4年，赵丹都不能参加电影工作的创作。
尽管如此，周恩来还是竭尽所能，保护和帮助了赵丹。当时，以纪念“世界文化名人屈原”的艺术活动为缘由，周恩来指示把赵丹从上海调到北京，主演了郭沫若的历史名剧《屈原》。1952年春，周恩来受毛泽东的委托，坐飞机到上海，给那里的领导干部做形势政策报告。上海电影界闻讯，专门召开茶话会欢迎周恩来，郑君里、孙瑜、赵丹、秦怡、黄宗英、王丹凤、上官云珠、张瑞芳等名导演名演员四五十人都跑来欢迎周恩来。周恩来和他们很熟。早在抗日战争时期，他就在重庆领导他们上演郭沫若的剧作《屈原》、《棠棣之花》、《虎符》，痛斥国民党破坏统一战线，发动“皖南事变”的罪行，轰动一时。这次见面大家都非常高兴。
周恩来微笑着和他们一一握手。只有赵丹和孙瑜因为武训的事挨了批有点不好意思过来和周恩来握手。迟疑之间，周恩来已经向他们走过来，主动伸出手来。
周恩来口才很好，这天他在文化广场中讲了几个小时，毫无倦意。讲着讲着，周恩来提起了《武训传》的事。孙瑜禁不住抬起头来。只听周恩来讲道:“最近全国都在批判电影《武训传》，拍摄和放映《武训传》，我是点了头的。因此我要承担很大一部分责任，我已经向党中央作了检讨，今天我在这个大会上再一次检讨。至于孙瑜同志和赵丹同志，他们都是做具体工作的，不应承担主要责任。他们都是优秀的电影工作同志，昆仑电影公司也一直是在我们党领导下的进步电影公司，拍过不少有影响的好电影。我祝愿他们总结经验教训，以后拍出更多好影片来。”孙瑜本来以为周恩来会在电影大会上严厉批判《武训传》，严厉批评编导和演员，没想到总理承担了主要责任，对他和赵丹是这样的爱护，热泪禁不住流下来。
从1954年到1964年间，赵丹重上银幕，主演了《为了和平》、《李时珍》、《海魂》、《林则徐》、《聂耳》、《青山恋》和《烈火中永生》等片，达到了他表演艺术的高峰时期。这一切，跟周恩来的关怀、保护是分不开的。
