没几天，国学院要开古物展览会，要求鲁迅将他收藏的碑碣拓片拿去陈列。鲁迅就着手准备，但他只有一张小方桌，许多展品只好摊在地上，他伏在地上，一一选出。拿去陈列时，黄坚不叫工友协助，高处须要桌上放一椅子，由鲁迅站上去悬挂展品，孙伏园看着过意不去，来帮助陈列，可中途，黄坚又将孙伏园叫走，鲁迅对此极为不满。
原来厦门大学教授是以厦大教务长兼理科部主任、厦大的实力派刘树杞为代表，因为“半个北大”的名教授来到厦大，新教授的风光很快就让原来厦大的教授们在心理失去了平衡。厦大是靠理科起家的，经费、校舍资源等各项政策都向理科倾斜，国学院兴起后，分去近一半的研究经费，让刘树杞等人难以忍受。于是，刘树杞就利用自己掌管财政之便，在校长林文庆的秘密授意下，向鲁迅发难，几次逼鲁迅搬家，最后一次，居然让鲁迅搬到了厦大的地下室居住。鲁迅的屋子里原来有两个灯泡，刘树杞说要节约电费，非得让人摘下一个不行，这件事情把鲁迅气得够呛。
苦闷中的鲁迅与远在广州的许广平频繁通信，诉说心中的压抑、愤懑。在厦门的4个月中，与许广平的通信就有84封之多。据此，有些学者抛开实事的真相，说鲁迅离开厦门大学的原因是与许广平的爱情有关。这是十分完美的一个解释，让厦门大学不失体面，又为鲁迅的故事增加了许多情节。
鲁迅忍无可忍，终于决定离开厦大，他在给许广平的信中说:“我是不与此辈共事的。”还说，“我本想做点事，现在看来，恐怕是不行的，能否到一年，也很难说。”
厦大的学生听说鲁迅被赶走了，发起了学潮，强烈要求驱逐刘树杞。校长林文庆一面假意设宴挽留鲁迅，一面又背后造谣说鲁迅“并非预备在厦门教书的”，是来厦门大学“捣乱”的，是一位“放火者”。
1927年1月15日午后，鲁迅在许多教师、学生的陪伴下登上了一艘小船，离开了厦门大学。与鲁迅同行的还有三名厦门大学广东籍的学生，他们佩服鲁迅的学问，决定放弃就读的厦门大学转入鲁迅即将要教书的学校中山大学。路途中厦门大学还派出了一个学生，探听鲁迅的消息，鲁迅通知三名同行的广东籍学生，让他们注意防范，最后这个学生一无所获。
鲁迅在厦门三个多月里，厦门大学给了鲁迅高薪，还有排挤、打击。1952年10月，鲁迅在厦门大学的住处集美楼被辟为鲁迅纪念馆，这是国内五个鲁迅纪念馆中唯一设置在高校里的纪念馆。如今在厦门大学校园里，鲁迅的身影无所不在，不但有鲁迅纪念馆，还有鲁迅的花岗岩塑像、鲁迅广场，校门上、校徽上的“厦门大学”是鲁迅的墨迹，信封上、证书上的“厦门大学”也是鲁迅的手书。鲁迅带给厦门大学的是宝贵的精神财富，是厦门大学校史上的一段荣耀，是厦门大学对外宣传自己的一块金字招牌。这或许是鲁迅不曾想到的，也是林文庆及“几个教授”不曾想到的。
