班禅出狱后，想找一个伴侣共同生活。他在认识董其武的外孙女李洁之后，向其求婚。李洁生于１９５８年，比他小２０岁，系军医大学的漂亮女学生，被班禅大师的气质所吸引，也愿意放弃学业，与大师完婚。但此事遇到舆论阻力。班禅申辩说：“喇嘛结婚并不违反教规。达赖喇嘛的哥哥嘉乐顿诛结了婚，达赖的弟弟也结了婚，他们都是活佛，可见一定程度是可以结婚的。”他们二人向中央打报告，申请结为伉俪。１９７８年６月，由邓小平亲自批准同意，在街道办事处领取了结婚证书。接着在民族文化宫隆重举行结婚典礼，李先念、张爱萍、杨得志、阿沛·阿旺晋美、赵朴初等参加婚礼。婚后，李洁既是他的妻子，又是他的秘书。两人生有一个女儿。
１９７９年西藏分裂势力打出“独立”旗号，班禅旗帜鲜明地进行针锋相对的斗争。他想起周恩来生前的谆谆教导：“你要经常注重维护祖国统一、民族团结和各民族的共同发展，按照宪法和法律的要求，充分地、正确地行使民族区域的自治权。”于是他在讲经传法和政务活动中，屡屡强调要加强藏汉民族的团结，反对分裂。他说：“我维护祖国统一的立场是坚定不移的，对于分裂祖国的行径，我过去反对，现在反对，将来也反对，我愿为维护祖国统一的伟大事业作出最大牺牲。”
班禅大师恢复政务活动后，在１９７９年７月全国政协五届二次会议上被增选为副主席，接着又在全国人大五届三次会议上补选为副委员长，从此重新走上了国家领导人岗位。有人问他对“左”的偏差给他精神上带来的巨大伤害有何感想，他说：“与老一辈革命家们所受到的迫害相比，我这点委屈算得了什么呢？这一切已经成为过去了，党中央已经给我彻底平反，使我在政治上获得了第二次生命，重新得到了为全国各族人民和藏族人民服务的机会，我恳切地希望大家摒弃前嫌，团结起来向前看，互相谅解，互相勉励，互相帮助，互相支持，并肩携手，为国家四个现代化建设出力。”
１９８０年班禅去西藏各地视察工作，行前邓小平邀他到家里作客，一见面就说：“班禅大师，你是我们国家最好的爱国者。”席间，邓小平教导说：“大师这次下去视察，不要有顾虑，你自己的活动可以放手，你可以说‘文革’中的那些事都搞错了，你不要怕，就说这是中央领导同志讲的。”班禅听后顿时心中涌起一股暖流，受到极大鼓舞。他更加热爱党，更加信任党，决心夜以继日地学习和工作，报答党的关怀，把失去的时间补回来。
班禅熟读历史典籍，对祖国的历史有着透彻的了解，在佛教经典的研习上有较高的造诣，多次讲解教义，宣传党的宗教政策，深受藏族群众的尊敬和爱戴。同时，他还十分重视西藏教育事业的发展，主张小学生要学民族语文，西藏要建一所藏文大学，倡导在北京创办一所高级藏传佛学院，并亲任院长。
１９８９年１月９日，班禅大师乘专机离开北京，前往西藏日喀则市扎什伦布寺，主持五世至九世班禅大师遗体合葬灵塔祀殿——班禅东陵札什南捷开光典礼。习仲勋送行时对班禅大师说：“这个季节西藏缺氧严重，你要注意自己的身体，不要性急，要劳逸结合。”大师说：“开光典礼办完，便遂了我最大的心愿，就是死了也瞑目。”习仲勋说：“佛不要你走，马克思也不要你走。”
班禅大师到达拉萨的第二天，就去参拜大昭寺。１４日，驱车３００公里赶到日喀则。２２日，主持了５个小时的开光典礼，最后当众宣布：“我的任务完成了！”接着他召集一系列座谈会，还不顾连日劳累，为数万名信徒摸顶祝福，终因辛劳过度，２８日上午心脏突然抽搐，神志不清，虽经多方紧急救治，结果抢救无效，不幸于１９８９年１月２８日２０时１６分心脏停止跳动，在他的新宫德虔格桑普彰圆寂，享年５１岁。噩耗传来，举国震惊，作为一个年轻的国家领导人，正当他在大展鸿图之时，过早地猝然去世，藏族人民和全国人民无不感到极为痛惜。
