“文革”１０年遭受迫害
西藏民主改革后期，出现了一些“左”的偏向和不切合实际的做法，一些藏民有较大的抵触情绪，向班禅大师反映了不少意见。班禅对一些汉族干部的“左”倾工作作风很不满意，到北京向中央领导反映情况。毛泽东对班禅大师敢于直言讲真话表示赞许，对他所提出的一些好意见和建议给予肯定和鼓励。中央派杨静仁去西藏调查，情况属实。１９６１年１月５日，邓小平听取杨静仁的汇报后，指示西藏民主改革必须防“左”、防急，稳定发展，五年不办合作社。
班禅以全国人大副委员长身份到青、甘、川、滇、疆等省区视察和调查，在视察中，他不断发现一些“左”的问题，听到一些反映，心中极不愉快，导致他与西藏自治区某些党政领导发生尖锐的意见冲突。中央统战部长李维汉陪同他到上海、浙江、江西参观，沿途与他作了多次长谈。由于看问题的角度和认识程度的差异，仍未能化解他心中的不满情绪，他说：“那些问题本来就不应该发生，我对此总是很难想得通。”１９６１年１月２４日，周恩来与班禅谈话，劝他回去帮助党政领导纠正“左”的错误，并推心置腹地对他说：“只要不背叛祖国，不压迫群众，保守一点，慢一点不要紧。今后我们之间多谈心，成为‘随便、自由、不客气’的朋友。”班禅压抑的心情得到一些缓解，但还存在疑虑，于是就产生了写一份详细意见书上报中央的念头。
在班禅身边工作的人劝他不要写，要三思而后行，但他是个急性子，说干就干，很快就动笔了。他先用藏文写，然后组织人员译成汉文，至１９６２年６月初定稿，呈送国务院，标题为《关于西藏总的情况和具体情况以及西藏为主的藏族各地区的甘苦和今后希望要求的报告》，全文洋洋洒洒７万多字，被称为“七万言书”。报告共分８个部分：①关于平叛斗争；②关于民主改革；③关于农牧业生产和群众生活；④关于统一战线；⑤关于民主集中制；⑥关于无产阶级专政；⑦关于宗教；⑧关于民族工作。报告系统地、直言不讳地分析藏区工作中出现的一些重大失误及其原因，对存在问题提出了尖锐的批评，也提出了改进的意见和建议。
周恩来反复看了“七万言书”，作出了精辟的概括：“班禅的报告，可分作七个认识、八个问题、五个宗教原则。七个认识有许多错误，八个问题都是事实，宗教五个原则很好，可以拿过来。”总理指的八个问题即报告的八个部分，这都是客观存在的事实，无可非议。“可以拿过来”的五个宗教原则，就是班禅很有见地的五项主张，即放弃剥削，民主管理，“宪法进庙”，从事劳动，政府关怀补贴。至于七个认识，则是从“七万言书”中抽取的七点不同认识。总理认为班禅在这些认识中，很多是片面的，错误的，应该和他讲清楚。但总理同时认为，“这些思想认识都属于人民内部矛盾，他是站在爱国立场上提出来的”。
遗憾的是，在１９６２年秋的八届十中全会后，阶级斗争扩大化的错误倾向在全党开始蔓延，有些人认为“七万言书”是“农奴主夺无产阶级专政的权”，是一部“反党反社会主义的反动纲领”，甚至认为是同彭德怀在庐山会议上的“八万言书”互相呼应，“一个在党内，一个在党外，共同向党进攻”。更有甚者，把班禅的意见与中印边界问题联系起来，认为是“具有国际背景的阶级斗争”。
年轻气盛的班禅，面对这种无限上纲上线的严厉批判，无法忍受，他一再申明自己的动机是好的，只是口快心直，根本不存在反党问题。他说：“我这个人看到‘左’的错误，看到不合理现象，看到老百姓吃苦受难，从心底感到气愤，根本坐不住。要我不讲话，或者讲好听的假话，或者闭上眼睛，我根本办不到，这大概叫‘江山易改，本性难移’吧！”
１９６４年秋，自治区筹委扩大会对班禅再次展开了猛烈的批判，班禅据理力争，但发言屡被打断。不久，班禅被撤销区筹委会代理主任职务。接着，人大副委员长和政协副主席的职务也被撤销，只保留了政协常委职务。１９６６年夏，“文革”开始了，少数红卫兵不顾中央的指示，擅自召开批斗大会，并抄了班禅的家。１９６８年夏，林彪集团把班禅带走，送去“隔离监护”，实际是投入监狱。从此，他经历了９年又８个月的铁窗生活，直到粉碎“四人帮”以后，班禅才于１９７７年１０月走出监狱。
辛劳过度，英年早逝
班禅虽然蒙冤受屈，但并不后悔上“七万言书”。他始终认为周总理说的“七个认识有许多错误”完全正确，为此向有关领导表示：“过去我确实犯了错误，说了一些错话，做了一些错事，今后我准备好好总结一下，再给中央写个检讨报告。”
