在大量事实面前，当时少数日本官员不得不承认暴行的存在。一个日军少佐和拉贝在一起，目睹了日本士兵的暴行后，向拉贝坦陈自己的心态说，他原本是不承认日军有暴行的，但此次目睹这些罪行以后，他相信拉贝他们在抗议信中写的暴行是事实，没有夸大其词。拉贝接触到日本大使馆的官员，“感到他们中有人长时间以来对日军的做法感到羞耻”，但他们作的不是设法阻止，而是千方百计遮掩。罗森在给德国外交部的报告中说:“外国代表打算返回南京的消息公布以后，城里便开始了紧张的清理工作，忙碌着要把在大屠杀中被无辜杀害的平民百姓、妇女儿童的尸体清理干净。”在此之前，日方千方百计拖延阻挡外国代表进入南京，“因为怕被进城的官方人员亲眼目睹他们所犯下的残酷暴行。”另一种遮掩的方法是对将要离开南京的外国人进行威胁。拉贝本人于一九三八年二月奉令经上海调回德国。为此事他去日本大使馆和使馆官员福井商谈办手续。福井一再对他说:“如果您在上海对报社记者说我们的坏话，您就是与整个日本军队为敌!”“就要激怒日本军方!”拉贝意识到，这些话，不仅是讲给他个人听的，“也是讲给还在南京继续做救济工作的伙伴们听的。”
日本的另一个手法就是在报纸上造谣欺骗公众。日本人在上海办的《新申报》发表过一篇文章，说“日本部队安抚中国难民，南京出现令人欣慰的气氛”,“日军给南京居民发面包和糕点，给伤病者治疗，南京居民非常感激，在太阳旗下高呼万岁”云云，《拉贝日记》中就收录了这篇文章。拉贝在一月二十二的日记中评述说:这篇文章“再一次表明报纸特别是日本报纸什么胡言乱语都会有。这篇文章是一个彻头彻尾、荒谬绝伦的无耻谎言，其造谣手段已达到登峰造极的地步。”
通过报纸造谣还不够，还由外交官出面抵赖。日驻伦敦大使吉田茂于一九三八年一月二十九日接受《每日杂谈》代表的采访时，对欧洲关于日军暴行的报告表示遗憾，他说:“这样的行为与我们的传统不相符……无论您到哪里去调查，您都提不出我们的军队有这类行为的证据……”《拉贝日记》也收录了吉田茂的这篇谈话，拉贝在二月十三日的日记中驳斥吉田茂说:“这里二十五万难民中的每个人都可以给他提供证据，证明关于日本兵痞难以形容的暴行的消息是真实的!”
约翰·拉贝于一八八二年十一月出生于德国汉堡，一九○八年来到中国，在此后的三十年中，除了中间一次短暂中断外，他一直在中国工作。一九三四年他在南京建立了一所德国学校，他必须得到德国政府和一九三三年起执政的国社党(纳粹)的批准，为此他参加了国社党。二战后，盟国肃清纳粹法庭认为，当时在中国的德国人并不了解国社党的罪恶目的和行径，并且考虑到拉贝在南京建立安全区的人道主义行为，认定拉贝为非纳粹分子。
拉贝于一九三八年二月二十二日奉调离开南京，四月十三日抵达德国慕尼黑。他在德国多次作报告和放映影片，揭露日军的暴行。不久，即被逮捕。他的日记和影片被扣留，后交还日记，影片仍被没收。从此他和全家人受到迫害，被关进集中营，受酷刑，直到一九四五年纳粹投降才获释放。战后他们一家人生活曾十分困难。一九四八年南京人民获悉他的情况后，纷纷捐钱捐物寄给他，以表达对他昔日义举的感激之情。一九五○年一月这位可敬的德国人去世，享年六十七岁。一九九六年，他的墓碑迁到南京，供中国人民永远纪念。一九九六年十二月，拉贝的外孙女乌尔苏拉·赖因哈特夫人在纽约公布《拉贝日记》。此书的德、中、英、日文版于一九九七年分别在世界各地出版，成为研究和认识日军南京大屠杀的重要证据和史料。
