由于这些抗议信都是写给日方，作为暴行例证，要求日方迅速采取措施加以解决的,所以拉贝他们十分慎重，其中许多暴行是他们亲见亲历的。拉贝等还与有的被害者亲自谈过话，因此，拉贝他们才敢于在抗议信中反复声明，这些日军暴行“均是已经仔细核对过的”,“根据编号，可以对每个事件随时进行审核的。”尽管日方未采取任何有效措施加以制止，但他们对拉贝的指控却不敢否认。因为这些暴行天天都在周围发生，到处是堆积如山的被害平民的尸体，到处是受凌辱的妇女的哭喊呼号，到处是被焚烧的民房火光冲天，有目共睹，日方无法抵赖。
《拉贝日记》一书中，除日记、抗议信外，还包括安全区国际委员会、国际红十字会、日、德、美、英等国大使馆的工作人员之间的大量的来往公文、函件、报告等，其中很多是内部文件，当时并无宣传意图，这次才第一次公布，因此具有无可争辩的史料和证据的价值，其中有几件是德国人写的，尤其值得注意:
一)德国驻南京大使馆秘书罗森博士于一九三八年一月十五日写给德国外交部的题为《南京局势及日本暴行》的报告。在报告中，罗森列举了日军大量暴行:“一位孕妇腹部被刺中数刀，腹中的婴儿被刺死”；“一个小姑娘被强奸约二十次”；“一位中国妇女的尸体，一根高尔夫球棒从下部直接插进这位妇女的躯体。每天夜晚都有日本士兵闯进金陵女子文理学院内的难民收容所，他们不是拖走妇女，就是当着他人的面，甚至当着家属的面，发泄他们的兽欲。”罗森向上级坦陈了自己的感受和思想变化过程:南京的外国人本来指望，“随着日军的到来，和平和繁荣也随之恢复”，“大家都希望在这里看到的是一个有绅士风度的日本”，但实际却相反，日军的暴行使南京的外国人大为震惊。罗森说:“日本的行径等于在南京为自己竖起了一根耻辱柱。仅在所谓安全区一个地区，德国人、美国人及其中国雇员就有不容反驳的铁证，能够证明数百上千起的强奸事件。”而且，“在多数情况下有军官共同参与。”
二)另一份题为《南京受难的日日夜夜》的长篇报告是另一个德国人、国际委员会的财务主管、工程师克勒格尔于一九三八年一月十三日写的。报告中列举了日军的大量暴行:抢掠难民的粮食、棉被、衣物、手表、手镯等等，被抢的人“谁要是稍有犹豫，就会立即遭到刺刀戮刺……成千上万的人就这样被杀害了。”日本士兵“挨个儿撬店砸铺，抢劫店内的东西。如果单个士兵人手不够，就会有小分队在军官指挥下开着卡车抢走所有值得拿走的东西，然后还要把房子付诸一炬……没有一天晚上夜空不被火光映得通红……截至今天，全城估计有百分之五十至百分之六十的房屋被烧毁”，日军“滥杀无辜，无缘无故处死人，在几天中估计有五千人未经临时军事法庭审判就被枪毙……大部分在江边被处决，这样连埋葬尸体的辛劳都可以免去了。”克勒格尔有一天“开车去下关，经过海军部时，汽车简直是碾着尸体开过去的。”
南京沦陷前，一部分中国军人因来不及撤退，有的进入难民区，但他们都已放下武器，按照国际公约，这些人不应被杀害，但日军却以搜捕中国士兵为借口，进行大屠杀。日军以欺骗的手段，进入难民区扬言，以前当过兵的，如果主动站出来，就可免去一死，否则查出，一律处决。有的人信以为真，站了出来，却被残酷处死了。拉贝他们指出，所谓搜捕中国士兵只是一个幌子，被日军指为军人而被屠杀的，绝大部分是平民。克勒格尔在报告中说:有四十三名电厂工人被枪杀了。他还告诉拉贝，在汉西门“大门旁边一条干涸的沟里躺着约三百具尸体，都是被机枪枪杀或处死的平民”。另一个德国人和记洋行的施佩林在写给德国大使馆的报告中说:有五十名躲在和记洋行避难的工人被日军枪杀。他又看见在云南路有三十名平民被杀害后，扔进水塘里。
以上就是日本二战时的盟国——德国的大使馆官员和几个德国公民对日军暴行的目击实录。
拉贝等常用“罄竹难书”、“不胜枚举”一类的词来形容日军的暴行。在他们写给日方的抗议信中，一再说明:这份(关于日军暴行的)清单是不完整的。确实，由于时间、空间和条件的限制，拉贝他们所列举的只能是他们少数人在不足四平方公里的难民区、难民收容所内及其附近所目睹和经历的事件。而日军在南京广大城乡各地进行的大屠杀，以及各慈善团体埋尸的全面情况，他们就看不到，也没有条件进行观察和纪录了。实际上，日军在南京城内外杀害我同胞达三十万人以上，留下的几十万具尸体是最有力的证据。据记载，崇善堂等慈善团体共掩埋十八万五千具尸体；盛世征等私人共掩埋三万五千具尸体；伪政权共掩埋六千余具尸体。日军为掩盖暴行罪证，还动用部队专事毁尸灭迹。他们经过周密布署，将大量尸体先进行焚烧然后抛入长江。据当时任日军少佐的战俘太田寿男供认，他和另一名叫安达的少佐一起，配备八百士兵、十辆汽车和三十只小船，在下关码头和浦口东面毁尸灭迹。经他们二人带领处理的尸体共约十万具，另估计其他部队投江的尸体约有五万具。
