1954年1月，根据中央关于“要查清这批日本战犯的罪行，并为今后处理做好一切准备”的指示，在最高人民检察院党组领导下，最高人民检察院从中央机关和各省市有关部门调集366名干部成立了东北工作团。工作团设办公室、询问室。询问室下设4个大组，具体负责对日本战犯的侦查审讯工作。
1954年3月，东北工作团到达抚顺战犯管理所，开始侦讯工作。侦讯工作历时两年多，先后派出了专案组分赴全国12个省，开展调查取证工作。查阅档案8000余件，提取人证2.67万件。并将讯问、调查、取证核实的43.14万页材料装订成2918册案卷。
在此基础上，东北工作团根据中央“惩办少数，宽释多数”的总方针，开始着手战犯处理工作。
1954年，中国宣布对417名日本战犯予以特赦。
1956年4月25日，第一届全国人民代表大会常务委员会第34次会议通过了《关于处理在押日本侵略中国战争中战争犯罪分子的决定》，同日，中华人民共和国主席毛泽东发布命令，予以公布。
在本次人大常委会会议上，还任命了最高人民法院特别军事法庭组成人员。庭长由最高人民法院刑事审判庭庭长贾潜担任，副庭长由中国人民解放军军事审判庭副庭长袁光少将和最高人民法院刑事审判庭副庭长朱耀堂担任，下属审判员8人，主审法庭设在沈阳。
在最高人民检察院党组领导下，为使战犯从意识上正确对待审判工作，管理所及时召开战犯座谈会，组织讨论。在座谈会上，战犯三轮敬一，小山一朗等6人作了大会发言，他们泪流满面地表示认罪服法，要求中国政府处以极刑。会上还有不少战犯表示，如果初来中国时，被判死刑，我要喊“天皇陛下万岁”、“大日本帝国万岁”。今天被判死刑，我要喊“中华人民共和国万岁”、“中国人民万岁”。还有30名战犯写出要求处死自己的申请书。
当法庭为每名被告指定了辩护人时，他们说:“我们的罪行，全世界人民共知，没有辩护的余地，只要法庭给予我们向中国人民谢罪的机会就满足了。”后经管教员耐心说服，他们才同意找辩护律师。
武部六藏因患病无法出庭，特别军事法庭审判员杨显之（左三）到医院办理起诉。被告回答了审判员的质询，完全承认起诉书所提出的犯罪事实。法庭于1956年7月20日判处武部六藏有期徒刑20年
1956年6月19日，中华人民共和国最高人民法院特别军事法庭在沈阳对战犯铃木启久、藤田茂、上坂胜、佐佐真之助、长岛勤、船木健次郎、榊原秀夫、鹈野晋太郎进行审判。判处他们13年到20年不等的刑期
跪地谢罪
在法庭上， 被告人最后陈述时， 藤田茂低头说:“在这个庄严的法庭上，我听到了中国人民对日本帝国主义的切齿愤慨的声音，并且深深地铭刻在肺腑中。还有几百万已经去世的被害人，不能到这里控诉我们，我确实在中国犯下了滔天罪行”。
宣布宽释的这天，所有的战犯都感动得放声大哭，哭声连成一片，淹没了整个礼堂。不少被宽释的战犯纷纷举手要求发言。不知是谁首先喊道:“我保证不再拿起武器同中国打仗！”，紧接着，“我也是！”，“我也是！”的喊声不断地在人群中爆发出来。
