除此之外，海瑞还是一个严刑峻法的赞赏者，他对明初朱元璋“剥皮楦草”的残酷惩贪措施怀念不已：“我太祖视民如伤，执《周书》‘如保赤子’之义，毫发侵渔者加惨刑。数十年民得安生乐业，千载一时之盛也。”这种建议不但让官场震恐，连万历皇帝也认为太过了。《海忠介公年谱》记载海瑞被任命为应天巡抚后，“飙发雷厉，郡县官吏凛凛竟饬，贪污者望风解印绶而去。权豪势官，敛迹屏息，至移他省避之。”这种让贪官污吏、权豪势要望风而逃的杀气自然也是海瑞平日所作所为产生的效果。然而，属下挂冠求去，大户外逃也让海瑞的利民大计无法得以实施，最终黯然收场。万历中期的李乐在其《见闻杂记》中对清官的类似做法进行了委婉的批评：
当官者贪财无耻，想是性生，不足责矣。有一等廉洁无求之人，非不可嘉可重。至于临大事，决不疑，遇大歉，须要有胆略，有才智，方能办得事来。吾乡万历十六年荒甚，有一郡伯令穷民至富家食粥，百十成群争抢，几致大乱。此郡伯甚为清介，然何补于荒政也?
此语颇为中肯。清官虽博得小民百姓的喝彩，但士林却普遍认为其迂阔偏执，不足多慕。
清官是整个社会大加提倡的道德楷模，在现实中却不见容于官场，这确实让清官们百思不解：贪官污吏对他们的切齿痛恨能够不以为意，名臣士林的批评对他们来说却不啻晴天霹雳。爱惜羽毛的他们最看重的就是清议对自己的褒扬，而这种批评却无异是社会精英阶层对他们所谨守的东西表示不以为然。面对这种情况，海瑞先是震惊，继则迷惘，最后只剩下愤怒。他愤而辞职，挂冠而去。包拯虽然处境远比海瑞要好，但在受到士林公议的批评之后也感到了深深的孤独。《陈州粜米》中包公就产生过动摇，自称“把那为官事都参透”，因为“有一个楚屈原江上死，有一个关龙逢刀下休，有一个纣比干曾将心剖，有一个未央宫屈斩了韩侯”，有这些前车之鉴，他也要明哲保身了，“从今后，不干己事休开口；我则索会尽人间只点头，倒大来优游”。又说：“我是个漏网鱼，怎再敢吞钩?不如及早归山去，我则怕为官不到头，枉了也干求。”显得既悲壮，又有一点无助。难道真的是“天下皆浊我独清，天下皆贪我独廉”使然吗?非也。清代名吏汪辉祖在其《学治臆说》中以自己为官数十年的经验提出了忠告：清不可刻。清只是治术的一端，并不足以解决现实中所有问题。“尝有洁己之吏，傲人以清，为治务严，执法务峻。雌黄在口，人人侧目。一事偶失，环聚而攻之。不原其过所由起，辄日廉吏不可为，夫岂廉之过哉。盖清近于刻，刻于律己可也；刻以绳人不可也。”道德洁癖、偏激的个性和强硬的手腕是其不见容于当世、不能于国计民生有所裨益的病根。诚如康熙皇帝所言“清而宽方为尽善”。朱子云：“居官人，清而不自以为清，乃为真清。”这并非是乡愿之言，而是对清官“爱之深，责之切”的期许吧。
