面对这样的情景，倪徵燠的心战栗了一下，但他未露声色，只是扶了扶眼镜，转身就走了。不过，他很想知道赵欣伯转变的真正原因。原来，如倪徵燠所料，赵欣伯本就对书写材料就能减轻他的罪责抱怀疑态度。在写材料期间，他又不知从哪儿听说“第三次世界大战”就要爆发，日本人又要东山再起，他们这些人又能纵横天下了，所以他烧毁了证据。
北平取证受挫，尽管是在倪徵燠意料之中，但他多少还是有些失望。没有更多的足以应对辩方律师们如狼似虎疯狂质问的证据，又怎能让刽子手们走上绞刑架呢？好在他也并非空手而归。临离开北平前，倪徵燠在相关人员的介绍安排下与吴佩孚的夫人张佩兰见了一面。张佩兰向倪徵燠描述了板垣和土肥原指使他人杀害吴佩孚的经过。张佩兰的证词是他在北平获得的唯一一份证据。也是这份证据，成为他日后在东京法庭上反诘板垣的有力武器。
1947年2月，倪徵燠带着这仅有的一点儿证据抵达东京。此时，法庭的第二阶段已经开始。倪徵燠的计划是在第三阶段，即被告人答辩时出庭反诘并见缝插针地提出新证据。但就针对土肥原和板垣而言，倪徵燠手中的证据除了吴佩孚夫人张佩兰的证词还稍稍有力外，其余的证据均不具针对性。为了不让这两个刽子手逃过，中国检察组成员们一次次开会，一次次讨论。
土肥原和板垣曾被大肆吹捧，就证明他们罪大恶极，强有力的证据终于浮出水面
有一天，检察组一名成员灵光闪现，提议到日本前陆军省档案库去寻找两人的罪证。尽管他知道，日军临败前烧毁了大量文件，但总还是会有遗漏的。这个提议让一向沉稳而不露声色的倪徵燠兴奋得差点跳起来。谁能掌握日军最核心的机密，不就是日军自己嘛！此时的陆军省档案库已被盟军驻日总部封存，外人一律不得进入。
在征得盟军驻日统帅麦克阿瑟同意后，倪徵燠和他的同事们进入了日本陆军省档案库。但当他们面对如山般浩繁卷帙时，不免愕然。要想在成堆的一张张薄纸中寻找土肥原和板垣的犯罪证据，如同大海捞针。并且检察组成员中只有两人通晓日文。仅仅依靠他俩，又怎能在短时间里通读完所有文件。时不我待，所有人都一头扎进了文件堆中。倪徵燠等不懂日文的就从与中文相似的日文字中、文件类别和标题中，一份份筛查。
由于长时间在一行行细密的日文字中搜寻，倪徵燠原本近视的眼睛异常疲劳，于是他不得不每隔几分钟就摘掉眼镜，闭闭眼睛，揉揉太阳穴。但就在这种情形下，他仍然耐心细致地筛选着文件材料，不放过每一个可疑点。这是他们最后的希望了。
事后经粗略统计，倪徵燠他们过目的有日本内阁、陆军省、外务省的现存材料，其中包括御前会议文件、内阁会议文件、五相会议文件、关东军报告和动员令、关东军与陆军省的往来密件、汪伪档案等等，甚至还有大量的旧报纸。他们没日没夜地摘抄、翻译、整理，只吃简单的三明治，喝白开水。
在很多档案里，倪徵燠都发现这样一个事实:板垣和土肥原被大肆吹捧。倪徵燠认为他们越被吹捧就证明他们罪大恶极。比如，在陆军省里的一份驻华日军的报告中提到，许多被替换回国的日本兵在回到家乡后，吹嘘他们如何杀害中国百姓，如何强奸，如何抢劫。写这份报告的军官无非是想借此表明他们在中国如何神勇，如何被中国人所恐惧。然而就是这样的报告，却正好成为倪徵燠所需要的强有力的证据。板垣和土肥原在法庭审理开始时，个个声称“不认罪”。如今在这些他们自己的文件、报告面前，看他们还将怎样狡辩！
