扩廓逃到和林不久，元昭宗也来到这里（和林是成吉思汗的故都，又称哈喇和林Khara Khorum，1912年一个外国人在外蒙的额尔德尼昭地方发现著名的兴元阁碑，证明这里就是古代的和林）。，对扩廓以国事任之。从此扩廓开始了独撑将倾天下的重任。
到了洪武五年，朱元璋下决心彻底解决北元。于是集结了15万大军，分三路第三次北伐。中路大将军徐达，由雁门直趋和林，摧毁北元的指挥部；东路左副将军李文忠由居庸关至应昌，然后直扑土拉河，从西北面攻击和林（几乎是长春真人丘处机西游的路线）；西路征西将军冯胜出金兰取甘肃，各将兵五万。
东路军李文忠一直打到胪朐河（今克鲁伦河Kerulen）,接着在土剌河（Tula今图拉河）击溃哈喇章等，进至拉鲁浑河（Orkhon今鄂尔浑河）畔的称海，被蒙古大军包围，李文忠勉强撤退。但损失惨重。
中路军徐达遇到的是劲敌扩廓帖木儿。这一次，在明与北元的大对决中，扩廓巧妙而坚决地击败了明朝第一大将徐达。扩廓用诱敌之计将明军逐渐引入其纵深。徐达的先锋是常遇春的内弟、后来在洪武21年威震漠北的蓝玉，出雁门后，在野马川（《口北三厅志》云，野马川在“宣府西路膳房堡口外”）遇到胡寇，追至乱山（位置待考），取得了小胜。接着到了土剌河，“与王保保遇，击败其众，保保遁去。”很明显，扩廓在诱敌深入。他亲自率领小部队且战且退，把敌人引向和林。而他手下的大将贺宗哲率领主力在和林以逸待劳。果然，“扩廓遁，与贺宗哲合，而拒我兵于岭北。时，师数发（左谷右瓦），而心易虏，骤与之战，不利，死者万余人。”（《明史纪事本末》）可见，扩廓的诱敌之计使明军轻敌而惨败。
西路军冯胜却取得了以外的胜利。但由于失败的两路是当时有名的战将中的头两位，如果表彰了冯胜等于羞辱了徐达和李文忠，所以太祖借故没有给冯胜赏赐。至此，洪武五年的北伐以明军的惨败而告终。
对这次惨败，明史诸典籍均一笔带过，不做太多的评论。但史料的蛛丝马迹可以看出这次的惨败对太祖来说实在是刻骨铭心。叶子奇的《草叶子》中说，“分三路出讨，至漠北大败，死者先后约40余万人。”明初谋臣刘基在北伐之初“尝言于太祖曰:扩廓未可轻也。至是帝思其言，谓晋王曰:吾用兵未尝败北。今诸将自请深入，败于和林，轻信无谋，致多杀士卒，不可不戒。……自是明兵希出塞矣。”（《明史扩廓帖木儿传》）
四、明太祖对王保保的招降
朱元璋对王保保是非常重视的。《皇明通纪》载，“高帝谓天下一家，尚有三事未了。一，少传国玺；一，王保保未擒；一，元太子无音问。”可见，扩廓在太祖的心中比太子爱猷识理达腊还要重要。太祖屡次想招降王保保。在察罕总兵围益都时，江淮震动。朱元璋派使者与察罕通好，察罕派张（上日下永）和马合谋从海路到江东授官职。刚刚到，察罕遇刺的消息也传来了，太祖立即杀掉了马合谋，不受官职。“及扩廓视师河南，太祖乃复遣使通好，”对于这样没有信义的人，扩廓当然是“留使者不还。凡七致书，皆不答。既出塞，复遣人招喻，亦不应。”（《明史扩廓帖木儿传》）朱元璋给王保保的七封书信，均可以在《明实录》里读到，确实是苦口婆心，仁义尽至。
太祖对王保保作为一个汉人，在元朝覆亡之季宁死不降的态度简直有些不理解。在那篇著名的北伐檄文中有一段是专骂扩廓的:“方今河、洛、关、陕，虽有数雄，忘中国祖宗之姓，反就胡虏禽兽之名，以为美称。假元号以济私，恃有众以要君，凭陵跋扈，遥制朝权，此河洛之徒也”。
最富传奇色彩的是朱元璋派两员降将去漠北招降扩廓。一个是扩廓派去守益都的魏赛因不花，此人姓李，名也叫保保。他是察罕的助手之一，曾同扩廓一同攻打益都。因要与王保保区别，所以称老保(当时小名叫保保的很多，前文提及的李文忠，小名也叫保保)。他是扩廓留在山东的重将，在明朝大军的攻击下，在洪武元年就投降了。后来朱元璋派老保赴塞北劝降扩廓，“扩廓帖木儿鸩杀之。”（《新元史魏赛因不花传》）
另一个则是割据关中的李思齐，也在洪武初年投降了明朝。朱元璋也派他去漠北与扩廓通好。扩廓对李思齐的态度还比较好，“待以宾礼”，不久就派骑士送李思齐回国，到了边境，骑士说，主公（扩廓）有命，请留一物为别。李思齐说，我远来无所齑。骑士说，那就留条胳膊吧。“思齐知不免，断臂与之。还，未己卒。”（《新元史李思齐传》）毒死一个，另一个卸了胳膊。扩廓对待叛将加说客的态度可谓创新了。
在至正27年四月，朱元璋对身边的人说，我对王保保屡次招降，如果他投降我不失王侯之位，可以做一代明臣。况且元朝已经快完蛋了，他却死心塌地地跟随元主，“岂识时务者哉？”（《国初群雄事略》）可见对招降王保保的失败，朱元璋实在很不理解也很无奈。
