晚年的陈寅恪双目失明，但他永远睁大着眼睛，目光如炬。
1932年夏，清华大学中文系招收新生。陈寅恪应系主任之邀出考题。不料他出的题目非常简单。考题除了一篇命题作文，最奇怪的是只要求考生对个对子，而对子的上联，又仅有三个字:“孙行者”。陈寅恪拟定的标准答案是“王引之”、“祖冲之”。一个名叫周祖谟的考生，给“孙行者”对出的下联是“胡适之”，用的是当时最时髦的人物胡适的名字，十分有趣，出乎陈寅恪的预料。
用“对对子”这样的文字游戏，来作为堂堂清华大学的招生试题，当时很多人还是难以理解，也有人误以为这是以旧学的看家本领向新文化挑战。其实，陈寅恪自有他的一番深意。当时很多学者都并不清楚真正的中国语文的特色在什么地方，陈寅恪觉得用对对子这个方法，其实可以非常明显地看出中国传统语文的真正特色，尤其是跟印欧语系的区别在哪里。陈寅恪关注的是汉语的文化特征和世界地位，对民族传统语文充满自信。
登上中古史研究高峰
就在这个时候，陈寅恪把目光投向了魏晋南北朝和隋唐，也就是学界通称的“中古史”。这是陈寅恪第一次学术转向，其中当然有很多原因，而最大的因素就是与抗战有关。
卢沟桥事变爆发后的22天，日军逼近清华园车站，北平即将不保。父亲陈三立这时已85岁了，这位在上海“一·二八”十九路军抗战时，梦里狂呼“杀日本人”的老人开始绝食了。五天后，陈三立死了。
为父亲守灵的那些晚上，陈寅恪久久地斜卧在走廊的藤躺椅上，一言不发。这时，陈寅恪由于高度近视，又用眼过度，右眼视网膜剥离，已经看不清东西了。医生告诉他需要手术，但做了手术就需要相当时间的休养。陈寅恪最终选择了不做手术，就是说，为了离开沦陷区，他放弃了复明的希望。
在为父亲守孝49天后，右眼失明的陈寅恪携妻将雏，离开了已经沦陷的北平，踏上了流亡之路。在离开北平之前，陈寅恪把他的藏书寄往将要去的长沙，但赶到长沙，还没等到这些藏书，便又匆匆随清华大学南迁云南。可是当书到长沙，竟悉数被焚毁在战争的大火中。
陈寅恪做学问的方式不是做卡片，而是在书上随读随记，也就是古人说的“眉批”，眉批上写满了他的思考、见解和引证，这是他学术研究的基础。书烧毁了，而他随身带着的常用的、备用的书，在绕道去昆明的路上，大部分竟也被盗走了。这意味着，他以后的学术研究，将主要依靠他积攒的记忆了。
“家亡国破此身留，客馆春寒却似秋。”就在几乎没有参考书籍的情况下，陈寅恪撰述了两部不朽的中古史名著——《隋唐制度渊源略论稿》和《唐代政治史述论稿》。
他把从魏晋南北朝到隋唐的书基本上都看过，然后回过头来，好像是一段段的史料，然后是一个“寅恪按”，实际上是以论带史，而绝对不是一个考据家。跟早年做的那种，从语文学到历史学精细的对照，完全不一样。
在中古研究里面，他注意到的若干解释中古中国的架构和因素，至今仍是很多研究者绕不过去的课题。比如对于文化种族的关注，对于家族的关注等。说陈寅恪是一个了不起的学者，是因为他并不是在具体的领域里奉献了什么具体的结果，而是说他开创了一个研究的范式。
