现在大家说到秦始皇，除了“统一六国”之外，就要提到他“焚书坑儒”的事情了。尤其是我们学过《过秦论》和《陈涉世家》，简直以为秦朝统治的天下就是人间地狱。其实这里面有很多舛讹。自古就有很多人辨证考订，著名的如宋代的郑樵、日本的桑原骘藏，连毛主席都说过：“劝君莫骂秦始皇，焚书之事待商量。”事实证明，秦始皇的功劳固然不可磨灭，即其“焚书”事确实也可得而辩之。这不是要给暴君涂脂抹粉，只是要还原历史本来的面目。
关于“焚书”的本事，据司马迁《史记·秦始皇本纪》记载，是在始皇帝三十四年（公元前213年）：
丞相李斯曰：“五帝不相复，三代不相袭，各以治，非其相反，时变异也。今陛下创大业，建万世之功，固非愚儒所知。且越言乃三代之事，何足法也？异时诸侯并争，厚招游学。今天下已定，法令出一，百姓当家则力农工，士则学习法令辟禁。今诸生不师今而学古，以非当世，惑乱黔首。丞相臣斯昧死言：古者天下散乱，莫之能一，是以诸侯并作，语皆道古以害今，饰虚言以乱实，人善其所私学，以非上之所建立。今皇帝并有天下，别黑白而定一尊。私学而相与非法教，人闻令下，则各以其学议之，入则心非，出则巷议，夸主以为名，异取以为高，率群下以造谤。如此弗禁，则主势降乎上，党与成乎下。禁之便。臣请史官非秦记皆烧之。非博士官所职，天下敢有藏诗、书、百家语者，悉诣守、尉杂烧之。有敢偶语诗书者弃市。以古非今者族。吏见知不举者与同罪。令下三十日不烧，黥为城旦。所不去者，医药卜筮种树之书。若欲有学法令，以吏为师。”制曰：“可。”(司马迁《史记·秦始皇本纪》)
又始皇帝三十五年：
侯生卢生相与谋曰：“始皇为人，天性刚戾自用，起诸侯，并天下，意得欲从，以为自古莫及己。专任狱吏，狱吏得亲幸。博士虽七十人，特备员弗用。丞相诸大臣皆受成事，倚辨於上。上乐以刑杀为威，天下畏罪持禄，莫敢尽忠。上不闻过而日骄，下慑伏谩欺以取容。秦法，不得兼方不验，辄死。然候星气者至三百人，皆良士，畏忌讳谀，不敢端言其过。天下之事无小大皆决於上，上至以衡石量书，日夜有呈，不中呈不得休息。贪於权势至如此，未可为求仙药。”於是乃亡去。始皇闻亡，乃大怒曰：“吾前收天下书不中用者尽去之。悉召文学方术士甚众，欲以兴太平，方士欲练以求奇药。今闻韩众去不报，徐巿等费以巨万计，终不得药，徒奸利相告日闻。卢生等吾尊赐之甚厚，今乃诽谤我，以重吾不德也。诸生在咸阳者，吾使人廉问，或为訞言以乱黔首。”於是使御史悉案问诸生，诸生传相告引，乃自除。犯禁者四百六十馀人，皆阬之咸阳，使天下知之，以惩後。(司马迁《史记·秦始皇本纪》)
据此可知，所谓“焚书”所烧的，主要针对的是民间藏书，官府所藏则不烧。然民间藏书也不是全烧，只烧其中的“不中用者”：“史官非秦记”与“诗、书、百家语”也，“医药、卜筮、种树之书”则不烧。也就是说，烧的书主要是诸子百家与儒家经典。
秦烧民间之书则有之，但是官府犹存图籍，所以萧何入咸阳，可以“收秦丞相御史律令图书藏之”（《史记·萧相国世家》）。但在秦始皇此次烧书之后，天下图书就只存于官府了。然在三四年之后，便天下大乱，民乱纷起，兵戈所指无非官府，各地豪强如“项羽引兵西屠咸阳，杀秦降王子婴，烧秦宫室，火三月不灭；收其货宝妇女而东”（《史记·项羽本纪》）的，比比皆是。民间之书既已经被烧尽，官府之书又遭此劫难，导致书籍散乱几不可复收。这可为后人深诟病的。
然而秦汉之际，书籍散乱的原因除了秦始皇焚书之外，楚汉之争的战火频烧，人民饥寒流离，多有损失；又，汉初重黄、老，不复收拾诸子百家与儒家典籍，遂亡逸益多。
虽然焚烧了民间藏书，但是始皇帝并不是打算全部断绝诸家之学也，故有博士七十人。“博士，秦官，掌通古今，秩比六百石，员多至数十人。”（班固《汉书·百官公卿表》）博士，就是给皇帝当顾问的。在《史记》中数数可见秦皇询问博士的例子：
（二十六年）秦初并天下，令丞相、御史曰：“异日韩王纳地效玺，请为藩臣，已而倍约，与赵、魏合从畔秦，故兴兵诛之，虏其王。寡人以为善，庶几息兵革。赵王使其相李牧来约盟，故归其质子。已而倍盟，反我太原，故兴兵诛之，得其王。赵公子嘉乃自立为代王，故举兵击灭之。魏王始约服入秦，已而与韩、赵谋袭秦，秦兵吏诛，遂破之。荆王献青阳以西，已而畔约，击我南郡，故发兵诛，得其王，遂定其荆地。燕王昏乱，其太子丹乃阴令荆轲为贼，兵吏诛，灭其国。齐王用后胜计，绝秦使，欲为乱，兵吏诛，虏其王，平齐地。寡人以眇眇之身，兴兵诛暴乱，赖宗庙之灵，六王咸伏其辜，天下大定。今名号不更，无以称成功，传後世。其议帝号。”丞相绾、御史大夫劫、廷尉斯等皆曰：“昔者五帝地方千里，其外侯服夷服，诸侯或朝或否，天子不能制。今陛下兴义兵，诛残贼，平定天下，海内为郡县，法令由一统，自上古以来未尝有，五帝所不及。臣等谨与博士议曰：‘古有天皇，有地皇，有泰皇，泰皇最贵。’臣等昧死上尊号，王为‘泰皇’。命为‘制’，令为‘诏’，天子自称曰‘朕’。”王曰：“去‘泰’，著‘皇’，采上古‘帝’位号，号曰‘皇帝’。他如议。”制曰：“可。”追尊庄襄王为太上皇。制曰：“朕闻太古有号毋谥，中古有号，死而以行为谥。如此，则子议父，臣议君也，甚无谓，朕弗取焉。自今已来，除谥法。朕为始皇帝。後世以计数，二世三世至于万世，传之无穷。”（司马迁《史记·卷六·秦始皇本纪第六》）
（二十八年）始皇还，过彭城，斋戒祷祠，欲出周鼎泗水。使千人没水求之，弗得。乃西南渡淮水，之衡山、南郡。浮江，至湘山祠。逢大风，几不得渡。上问博士曰：“湘君何神？”博士对曰：“闻之，尧女，舜之妻，而葬此。”於是始皇大怒，使刑徒三千人皆伐湘山树，赭其山。（司马迁《史记·卷六·秦始皇本纪第六》)
即帝位三年，东巡郡县，祠驺峄山，颂秦功业。於是徵从齐鲁之儒生博士七十人，至乎泰山下。诸儒生或议曰：“古者封禅为蒲车，恶伤山之土石草木；埽地而祭，席用菹秸，言其易遵也。”始皇闻此议各乖异，难施用，由此绌儒生。而遂除车道，上自泰山阳至巅，立石颂秦始皇帝德，明其得封也。从阴道下，禅於梁父。其礼颇采太祝之祀雍上帝所用，而封藏皆祕之，世不得而记也。（司马迁《史记·卷二十八·封禅书第六》)
（三十四年）始皇置酒咸阳宫，博士七十人前为寿。仆射周青臣进颂曰：“他时秦地不过千里，赖陛下神灵明圣，平定海内，放逐蛮夷，日月所照，莫不宾服。以诸侯为郡县，人人自安乐，无战争之患，传之万世。自上古不及陛下威德。”始皇悦。博士齐人淳于越进曰：“臣闻殷周之王千馀岁，封子弟功臣，自为枝辅。今陛下有海内，而子弟为匹夫，卒有田常、六卿之臣，无辅拂，何以相救哉？事不师古而能长久者，非所闻也。今青臣又面谀以重陛下之过，非忠臣。”始皇下其议。（司马迁《史记·卷六·秦始皇本纪第六》)
三十六年，荧惑守心。有坠星下东郡，至地为石，黔首或刻其石曰“始皇帝死而地分”。始皇闻之，遣御史逐问，莫服，尽取石旁居人诛之，因燔销其石。始皇不乐，使博士为仙真人诗，及行所游天下，传令乐人歌弦之。（司马迁《史记·卷六·秦始皇本纪第六》)
（三十七年）始皇梦与海神战，如人状。问占梦，博士曰：“水神不可见，以大鱼蛟龙为候。今上祷祠备谨，而有此恶神，当除去，而善神可致。”乃令入海者赍捕巨鱼具，而自以连弩候大鱼出射之。自琅邪北至荣成山，弗见。至之罘，见巨鱼，射杀一鱼。遂并海西。（司马迁《史记·卷六·秦始皇本纪第六》)
叔孙通者，薛人也。秦时以文学徵，待诏博士（師古曰：於博士中待詔。）。数岁，陈胜起山东，使者以闻，二世召博士诸儒生问曰：“楚戍卒攻蕲入陈，於公如何？”博士诸生三十馀人前曰：“人臣无将，将即反，罪死无赦。愿陛下急发兵击之。”二世怒，作色。叔孙通前曰：“诸生言皆非也。夫天下合为一家，毁郡县城，铄其兵，示天下不复用。且明主在其上，法令具於下，使人人奉职，四方辐辏，安敢有反者！此特群盗鼠窃狗盗耳，何足置之齿牙间。郡守尉今捕论，何足忧。”二世喜曰：“善。”尽问诸生，诸生或言反，或言盗。於是二世令御史案诸生言反者下吏，非所宜言。诸言盗者皆罢之。乃赐叔孙通帛二十匹，衣一袭，拜为博士。（司马迁《史记·卷九十九·刘敬叔孙通列传》)
