对贪污之官，朱元璋宁错杀一千，不可放过一个。他规定，凡有贪污案件，都要层层追查，顺藤摸瓜，直到全部弄清案情，将贪污分子一网打尽为止。这样做固可使贪吏无所遁形，但在法制不健全的情况下，却也易生流弊，审理者务为严酷以邀上恩，株连蔓引，往往累及无辜。从洪武四年（1371年）到洪武十八年（1385年），朱元璋在全国范围内掀起了数次轰轰烈烈的反腐败运动。如洪武四年甄别天下官吏，洪武八年的空印案，洪武十八年（1385）的郭桓案，声势都极浩大。其中，尤以空印案与郭桓案的规模最大，两案连坐被冤杀的达七八万人。
由于诛戮过甚，两浙、江西、两广和福建的行政官吏，从洪武元年（1368年）到十九年（1386年）竟没有一个做到任期满的，往往未及终考便遭到贬黜或杀头。用朱元璋自己的话说：“自开国以来，两浙、江西、两广和福建设所有司官，未尝任满一人。”
