新的特务组织地处北京东安门北侧，因此得名叫东厂，朱棣建立东厂的一个目的是追杀他的侄子建文帝及其同党，明朝的两支特务机构走遍大江南北，深入乡间里弄，凡是对朱棣的皇位有疑义的，对本政权不恭的，都将面临着肉体上的消失。
朱棣在对待不同观点人的处理上是异常残忍，最触目惊心的案件是“诛方孝孺案”。
方孝孺是建文帝最亲近的大臣，他也视建文帝为知遇之君，朱棣的谋士姚广孝曾跪求朱棣不要杀方孝孺，否则“天下读书的种子就绝了”。但南京陷落后，方孝孺日日为建文帝啼哭，朱棣要拟即位诏书，大家纷纷推荐方孝孺，朱棣就命人将其从狱中召来，方孝孺当众嚎啕，拒绝为朱棣誊写诏书。朱棣大怒，命特务上刑具，并威胁说：“你不服气就灭你九族。”方孝孺答道：“即便是灭我十族又能将我怎样？”并仍然大骂不止。朱棣气急败坏，恨其嘴硬，叫人将方孝孺的嘴角割开，撕至耳根，大捕其宗族朋友，每抓一人，就带到方孝孺面前行刑，但方孝孺根本无动于衷，头都不抬。朱棣彻底绝望了，也横下一条心，杀绝方孝孺的亲属，以解心头之恨。但人际之间的亲属关系全算上只有九族，朱棣就将方孝孺的朋友也列作一族，连同宗族合为“十族”，总计八百七十余人全部凌迟处死。
有这样的残忍皇帝，锦衣卫和东厂的酷吏更是不甘落后，据明史记载，锦衣卫常用的刑具有十八套，什么夹棍、脑箍、拦马棍、钉指等等都包括其内。其中有一项刑罚叫做“杖刑”，特务对于“杖刑”的执行非常有讲究，对一般的犯人行刑官只说“打着问”，意思是不必太重；当犯人不配合，要求打重一些的，就说“好生打着问”；当庭审官被激怒，不想让你活时就说“好生着实打着问”，那时犯人就只有进气没有出气了。
明朝到此可以说是开了历朝的先例，但还没有登峰造极。到了宪宗朱见深时期，由于“土木之变”，自己的太子位子几乎不保，只有在父亲英宗策动政变，自己才从新当上太子，并继承了皇位。
正是由于这个特殊原因，在朱见深脑海里产生了阴影，使他感到难以把握复杂的政治局势，报复心徒增，那只好继承祖宗的传统，还是要加强特务专制。于是在锦衣卫、东厂之外，又建立一套特务系统。为了区别于东厂，简称叫西厂。三套系统性质相同，任务一致，但西厂的权力超过东厂和锦衣卫，而且人数也比东厂多一倍，这就将明朝的恐怖统治推向新的高峰。
