朱元璋反其道而行之，他主要是怕祸及其子，不利于今后的传宗接代，于是在洪武二年成立了锦衣卫的特务组织。并赋予巡察缉捕之权，下设镇抚司，从事侦察、逮捕、审问活动，且不经司法部门而成为一个我行我素的独立部门。
朱元璋首先拿丞相胡惟庸是问，并于洪武十二年开刀问斩，胡惟庸一案株连多达万人，最后连太师韩国公李善长也受牵连，77岁时李善长全家被杀。
接着十三年后朱元璋又以莫须有的罪名杀掉了功臣蓝玉。蓝玉对于朱元璋那是够赤胆忠心的，蓝玉被诛天下喊冤，但蓝玉案还是又株连一万多人，蓝玉案后明朝功臣凋零。
这样的诛杀大臣连太子朱标都看不下去，曾进谏说：“陛下诛戮过滥，恐伤和气。”当时朱元璋没有说话。第二天，他故意把长满刺的荆棘放在地上，命太子拣起。朱标怕刺手，没有立刻去拣，于是朱元璋说：“你怕刺不敢拣，我把这些刺去掉，再交给你，难道不好吗？现在我杀的都是对国家有危险的人，除去他们，你才能坐稳江山。”
锦衣卫不但对付大臣，还按照皇帝的意思私下打探军情民意，凡是有一点对皇帝不利的言论都逃不过他们的耳目，当地的官吏也不敢随便过问他们的事情。只要流露出对他们的不满，都有可能被抓去受刑，而一旦被特务们抓去，那就是九死一生，最轻也要落个残疾的下场。
朱元璋将锦衣卫派到各地，事无巨细，他都要听，包括大臣家晚上请的什么客，作的什么诗，第二天上朝有时朱元璋还装出无意的样子当面提醒酒宴中的细事，群臣无不惊骇，在朝廷上战战兢兢，而朱元璋恰恰要的就是这种效果。
靖难之役以后，朱棣掌握了政权，完全继承了他父亲的统治衣钵，为了同锦衣卫相制衡，在此基础上又发展了另一套特务组织，两套特务组织同时在朝野发挥作用。
