明太祖自己也知道，酷政不可以为常，所以，在蓝玉案以后、也即是功臣都已杀得差不多后的洪武二十六年(1393年)，他就下旨“诏内外狱无得上锦衣卫，大小咸经法司”。
不过，弊政是难以断根的，他的儿子燕王朱棣，借着京城文武功臣已经杀光、大伤元气的特殊机遇，起兵夺了明太祖嫡孙建文帝的帝位，是为明成祖，又要大杀忠于建文帝的正直官僚，这却又需要特务机构了，所以，明成祖手上，锦衣卫重又灿烂辉煌。
明初两代重用锦衣卫，其后，有明一代，此弊终难去矣！
