在建军问题上，这个时期的领导人包括朱德、陈毅和红五军的彭德怀(兼红四军副军长)都做过不懈的努力与探索。但相较而言，毛泽东的眼光远大，因而贡献也大，他是从政治制度、政治路线和建军思想的高度来探索和实践的，是以在制度上“保证党在军队中的绝对领导地位”的认识来推动和运作的。
从总体上来说，当时朱德对毛泽东的主张，并无根本抵触，但在具体措施上则不尽一致。比如，“党的绝对领导”是不是就是“党管理一切”？军队是打仗为主，还是建设根据地为主？党内军内的民主以什么方式去实现？诸如此类等等。陈毅当时在有些问题上同意朱德，而在有些问题上，同意毛泽东，因此他被称为“中间派”。
1929年4月3日，毛泽东离开长汀到达瑞金与彭德怀的红五军会合时，收到了中共中央2月7日发出的“二月来信”。信中对在农村割据中红四军的前程较为悲观不说，并要求红四军在大敌当前时分散成小股游击队，转入民间。而对毛泽东和朱德的去向，中央则指令要求“毅然地脱离部队速来中央……”
“瞎搞，不切实际的指挥。这是要把这支部队葬送掉。”毛泽东气呼呼地说，“我不离开！拿轿子抬我也不走！”毛泽东还以红四军前委的名义复信中共中央，批评中央的“二月来信”对客观形势及主观力量的估计“都太悲观”，“是一种不切实际的想法”。作为下级党组织如此毫不客气地批评中央的作法是不多见的。朱德虽然对二月来信也不满意，但他对毛泽东对待中央来信这种态度也很不满意。这体现了两人性格的不同。
1929年5月初，刘安恭从苏联回国，携带了中共“六大”文件，以中央特派员身份来到红四军，并接替了毛泽东的政治部主任一职。
在刘安恭和朱德的提议下，红四军又成立了临时军委。5月底，在湖雷召开的前委会议上，就党对军队领导的问题发生争论。争论的焦点是红四军内是否仍要设立军委。一种意见认为，“既名四军，就要有军委”，指责前委“管的太多”，“权力太集中”，是“书记专政”，有“家长制”倾向。另一种意见则认为“军队指挥需要集中而敏捷”，由于战斗频繁和部队经常转移，由前委直接领导和指挥更有利于作战，不必设立重叠的机构，并批评在前委之下、纵委之上硬要成立军委，实际上是“分权主义”。争论中意见未能统一，前委书记难以继续工作。
接下来，在6月8日白砂召开的前委扩大会议上，毛泽东一度提出辞呈。陈毅被大家推举代理前委书记，并负责筹备红四军“七大”。
6月22日，龙岩城内，红四军第七次党的代表大会召开了。会议以压倒多数票通过了取消临时军委的决定，但争论的问题仍未解决。经过一天多的争论，大会通过了由陈毅起草的“七大”决议案。
这份决议案或许是出于停止争论、加强团结的愿望，“毛泽东同志予以严重警告，朱德同志予以书面警告”，“至于朱、毛去留问题，由中央处置。在中央未作决定以前，仍留任前委委员。”
大会最后改选前委，陈毅当选为前委书记。
