这事极大地象征了光绪帝广开言路、起用新人的变法决心，也是他借题发挥，为自己树威的一个举措。但处理过严，于法无当，激起老大臣的强烈不满。他们纷纷跑到颐和园向太后哭诉。太后感到了皇帝隐隐发来的攻击力量，她对光绪变法的支持，在干部问题上首先出现了转捩。此时主政的大臣，总体上都具有洋务倾向。毕竟已是19世纪末叶了，积几十年与洋人打交道的经验，他们对于世界大事也有所了解，只是观念还比较保守，要他们拿出新思路也比较困难。但冲突的真正焦点在于，皇帝驱使不惯这批老于世故的官僚，注定要搞自己的班底，而大臣们看不惯康有为和一批资历尚浅的后进，觉得小臣的得势预示着自己的没落。变法图强的宏愿最终变为纠缠不清的人事纷争，从太后与皇帝的权力再分配传递为老臣和小臣的权力再分配。
带着情绪，军机大臣荣禄曾对人说：“康有为立保国会，现放许多大臣未死，即使亡国尚不劳他保也。其僭越妄为，非杀不可。”这种想法，对其他感到大权旁落的枢臣，是极易得到共鸣的。而康有为认定老臣必然是改革的阻力，当面向荣禄发出挑战说：“杀二三品以上阻挠新法大臣一二人，则新法行矣。” 双方如此杀气腾腾，矛盾又怎么会不激化呢？
9月14日，光绪帝去颐和园请安，并向太后请示开懋勤殿以议新政之事。懋勤殿是乾清宫西侧的一座配殿，同治年以后，一直空关着。康有为授意宋伯鲁、徐致靖、王照上折，呼吁仿照康熙、乾隆、咸丰三朝事例，开懋勤殿，选一批“通国英才”如康有为、梁启超、康广仁、黄遵宪等通达时务者和外国政治专家在此办公，日夕讨论，以做皇帝的顾问。也就是把维新变法以来实际上依然无法接近光绪的康有为、梁启超送进宫去（至于皇帝选择谁进入懋勤殿辅佐自己则是另外一回事）。富有政治经验的慈禧一眼看出这是维新党人在建立制度局、议政处的设想被否决后，藉祖宗成法打压当权元老的新举措，当即对光绪处理礼部六堂官的做法提出了严厉的批评。这恐怕是变法以来光绪帝十二次上颐和园请示懿旨第一次听到太后的反对意见。所以他感觉不好，次日在召见军机章京杨锐时，发出如下密诏：
近来仰窥皇太后圣意，不愿将法尽变，并不欲将此辈荒谬昏庸之大臣罢黜，而用通达英勇之人令其议政，以为恐失人心。虽经朕屡次降旨整饬，而并且随时有几谏之事，但圣意坚定，终恐无济于事。即如十九日之谕（按即罢免六堂官之谕），皇太后已以为过重，故不得不徐图之，此近来之实在为难之情形也。朕岂不知中国积弱不振，至于阽危，皆由此辈所误；但必欲朕一旦痛切降旨，将旧法尽变，而尽黜此辈昏庸之人，则朕之权力实有未足。果使如此，则朕位且不保，何况其他？今朕问汝：可有何良策，俾旧法可以全变，将老谬昏庸之大臣尽行罢黜，而登进通达英勇之人，令其议政，使中国转危为安，化弱为强，而又不致有拂圣意？尔其与林旭、刘光第、谭嗣同及诸同志妥速筹商，密缮封奏，由军机大臣代递，候朕熟思，再行办理。朕实不胜十分焦急翘盼之至，特谕。密诏反映出光绪在观念上激进而在行动上受到太后掣肘时的焦虑。但并不是告急文书，“朕位不保”的前提是“将旧法尽变，尽黜昏庸之人”这一假设，皇帝是咨询 “良策”，而不是授权救援行动，况且他还要“熟思”，方案要“不致有拂圣意”，且光绪帝指名“妥速筹商”的，是四位军机章京。康有为充其量也只能列入“诸同志”之中，证明在此时皇帝心中，决非不可或缺的股肱。后来康有为在流亡中，篡改密诏，欺骗外国人和华侨，伪称密诏内容是：
朕唯时局艰难，非变法不足以救中国，非去守旧衰谬之大臣而用通达英勇之士，不能变法。而皇太后不以为然，朕屡次几谏，太后更怒，今朕位且不保，汝康有为、杨锐、林旭、谭嗣同、刘光第等可妥速密筹，设法相救。朕十分焦虑，不胜企盼之至。特谕。这就面目全非了。他将自己的名字加入所谓“密诏”，到处招摇和集资，更显示其行事的不择手段。真正使康有为感到惊讶的是，17日光绪帝明发了一道上谕，促其离京：
工部主事康有为前命其督办官报局，此时闻尚未出京，实堪诧异。朕深念时艰，思得通达时务之人，与商治法，康有为素日将求，是以召见一次，令其督办官报，试以报馆为开民智之本，职任不为不重，现筹有的款，着康有为迅速前往上海，毋得迁延观望。这道上谕的真实含义是很费思量的。按康的说法，这天御史杨崇伊到颐和园递折请太后训政，皇帝感到形势紧迫，为了保护他而公开示警。但排比日期发现，杨氏奏折要到18日才递，17日并无征象表明局势会有大的变化。因此亦有人理解为光绪在杨锐的建议下，想用促康离京来缓和矛盾，作为继续变法的一种妥协；或是光绪在慈禧太后压力下，被迫以此方式，表白自己与康并没有什么更深的联系；甚至有人认为，光绪对康有为在京过于招惹是非已有不满，想把他赶走，省得整天听他聒噪（康在变法期间，平均两三天上一道奏折，广泛涉及政治、经济、军事、文教、社会风俗等各个领域，有些言论过于激烈，大有毕其功于一役的气势，极为引人侧目），在给杨锐的密诏中未列康的名字就是一个佐证。 康有为对于光绪用严峻的语气促他出京肯定大不受用。为了给自己长脸，他在流亡到上海时，对英国领事班德瑞（Frederick S.A.Bourne）信口编造说皇帝还有给他的第二份密诏：
