1916年11月陈独秀与汪孟邹为亚东书馆和群益书社招股在京停留数月，后蔡元培聘请其出任北大文科学长，陈在1917年1月将新青年总部迁往北京，办公地点在东华门外箭杆胡同，但印刷地点仍在上海。1月,《新》发表胡适给陈独秀的回信，名为《文学改良诌议》，产生重大反响。8月,《新》出齐3卷后因“不能广行，书肆拟终止”停刊。
1918年1月15日复刊出版第4卷1号，此时编委会经过改组由李大钊、钱玄同、刘半农、胡适、沈尹默、高一涵、周树人（鲁迅）轮流编辑，不久鲁迅也加入到编辑队伍当中。在第4卷第3期中，刊登《本志编辑部启事》：“本志自第四卷第一号起，投稿章程业已取消，所有撰译，悉由编辑部同人共同担任，不另购稿。其前此寄稿尚未录载者，可否惠赠本志？尚希投稿诸君，赐函声明，恕不一一奉询，此后有以大作见赐者，概不酬。”即《新青年》自4卷1号后改为同人编辑，不接受来稿。
1917年秋，上海中华书局费逵、俞复等开设“盛德坛”，组织“灵学会”。并于1918年1月起出版宣传灵学及研究鬼神的《灵学杂志》，《新》对此展开激烈抨击，同时与《东方杂志》展开论争，宣传民主主义思想，批判传统道德观念。
到1919年初，群益书社翻印再版1--5号卷《新》，发售预约卷的广告一经推出，即被抢购一空。《新》销量日渐兴旺，全国不少新式学堂设其代销点。
分裂衰落
《新青年》改革后的封面1919年6月11日陈独秀陈因散发《北京市民宣言》传单被捕，《新青年》又停刊5个月。此后陈独秀辞去文科学长一职，前往上海。10月迁回上海，但仍保留北京编辑部。1919年12月的第7卷起由陈独秀一人主编。1919年12月1日第7卷第1号《新青年》刊登了《本志所用标点符号和行款的说明》指出“现在从7卷1号起，划一标点符号和行款”。1920年末胡适提出《新青年》应“声明不谈政治”，遭到了陈独秀、李大钊、鲁迅等人的反对。
1920年中共发起组决定将《新》从9月1日出版的第8卷1号改组为机关宣传刊物。封面也做改变:正中为一个地球，从东西两半球分别伸出两手相握。暗示中国人民与十月革命后的苏维埃俄国团结，也暗示全球无产阶级团结。编辑部增加李汉俊、陈望道、袁振英等发起组成员，刊登启示与群益书社解除关系，专门成立“新青年社”独立印行。同时增《俄罗斯研究》专栏，到9卷3号止。胡适对此后《新》的变化提出质疑，认为“色彩过于鲜明”，“北京同人抹淡的功夫决赶不上上海同人染浓的手段之神速”。
1921年1月22日胡适写信与北京同人李大钊、鲁迅、钱玄同、陶孟和和高一涵等，再次声明其主张，指责《新》“差不多成了《Soviet Russia》的中译本”并给陈望道寄去明信片表示反对“将《新》所宣传共产主义之用”。同时《新》的变化也招致社会上的议论和批评，同时部分军阀地区也禁止邮寄，《新》内部开始分裂。胡适主张另创哲学文学杂志，将马列理论分裂出《新》，同时将编辑部移回北京。但陈依旧坚持己见，并取消了北京的编辑部。
1921年2月上海法租界巡捕查抄新青年社，处罚并勒令其迁移。《新》从8卷6号起转入地下编辑，假托迁移广州，继续由陈望道等人编辑。
1921年7月中共成立，《新》成为理论刊物。9月陈独秀再任主编，只出一期后停刊。1922年7月又出一期(9卷6号)终刊。
