慈嬉太后接见达赖喇嘛的壁画
1904年7月30日，夜半，一队人马悄然闪出布达拉宫。十三世赖喇嘛在英军逼近拉萨时，携带着清帝颁赐的印玺从拉萨秘密出走。他最初打算经青海、甘肃等地到北京禀报西藏发生的情况。途，得知朝廷听信驻藏大臣有泰的谗言，下令革去他的名号，陷入仿和失望境地的达赖喇嘛，在外蒙古等地盘桓。
达赖喇嘛一到库伦，清廷便派钦差大臣前去慰问，并带去慈禧太后和光绪皇帝赐与的许多礼品。接受礼品后，他向北京方向行九叩大礼。他一方面向钦差吐露心迹，一方面又通过远在西藏的官员向驻藏大臣说明出走实情。1905年9月，清廷应噶厦和驻藏大臣的请求，宣布恢复其名号，并促其返藏。次年9月，抵达青海塔尔寺。
1907年，钦差大臣张荫棠应噶厦要求上奏请求准于达赖、班禅联袂入觐。清廷于11月降旨邀请达赖进京。达赖接旨后，欣然东行，于1908年1月到达山西五台山暂住。
清廷对于十三世达赖喇嘛入京十分重视，做了大量准备工作，如重新修缮五世达赖进京时住过的黄寺等。9月27日，达赖抵达北京，清廷接待他的礼仪十分隆重。慈禧太后和光绪皇帝数次召见、宴请，还颁给他金册，册封其为“诚顺赞化西天大善自在佛”，明确西藏的宗教事务大权仍在他之手，一切按其意办理。清廷还决定今后每年赏赐他廪饩银10000两。对于这些，达赖一再表示谢恩。史料表明，他在京期间，清廷的接待开支达18万多两白银。
达赖喇嘛向皇帝提出今后可否直接上奏，清廷未予同意，坚持一切政务“勿庸直接奏明皇帝，具报驻藏大臣请其代奏，静候敕裁”，这使他加深了对朝廷的误解和不满。
1908年11月，十三世达赖喇嘛离京返藏。翌年初，抵达塔尔寺暂住。这时，驻藏大臣联豫奏请清廷从四川调动军队入藏，引起多数西藏地方上层人士的不满。与此同时，川滇边务大臣赵尔丰在康区推行改土归流，剥夺土司、头人的权力，使当地汉藏关系颇为紧张。这些都对达赖喇嘛的思想产生了影响。
1909年底，十三世达赖喇嘛回到了阔别5年的布达拉宫。
