老达尔文反对儿子参加航行，认为这会推迟儿子在神学职业上的发展。达尔文沮丧地给亨斯楼回信谢绝推荐，然后到他舅舅韦兹伍德家打猎散心，意外地发现舅舅非常支持他参加航行。两人一起给老达尔文写了一封长信。针对老达尔文的顾虑，韦兹伍德指出这次远航实际上对达尔文的职业发展很有好处，毕竟，研究博物学对神职人员很合适。老达尔文同意了。
达尔文连夜赶去见亨斯楼。不幸的是，他们发现这是一场误会:费兹洛伊早已答应把位置留给一名朋友。几天后，达尔文在海军部遇到费兹洛伊。费兹洛伊告诉他，其朋友几分钟前决定不去了，你还想去吗？达尔文兴奋得几乎昏倒，勉强点了点头。费兹洛伊却心存疑虑，因为他迷信面相，认为达尔文的鼻子形状表明他不会吃苦耐劳。在经过几天相处增进了解后，费兹洛伊和达尔文定了协议。达尔文算是船长客人，不支付薪水，坚持不下去时可以随时离队。
贝格尔号于1831年12月27日扬帆起航，绕地球一圈，于1836年10月2日回到英国。达尔文沿途考察地质、植物和动物，采集了无数标本运回英国，还未回国就已在科学界出了名。这5年的见识，让达尔文从一名正统的基督徒变成了无神论者，不可能再去当牧师了，成了职业博物学家。更重要的是，他开始思考生物的起源问题，最终创建了进化论，极大地改变了世界。种种巧合促成的贝格尔之航是达尔文人生的转折点，也是人类历史的转折点。
提供了这一机会的费兹洛伊为此感到自己罪孽深重。《物种起源》发表后，这名虔诚的基督徒愤怒地宣称它带给他“最剧烈的痛苦”。6年后(1865年)一天的早晨，费兹洛伊起床走进卫生间，和他叔叔一样，用剃须刀结束了这一痛苦。
