改革遭遇到了严重的阻力。光绪帝的虽然大胆然却轻率的官制改革遭到了守旧派的猛烈攻击和极端仇视。对光绪帝的上谕，守旧派们或是模棱不奉，或是阳奉阴违，或是避重就轻，或是造谣阻格。诏旨虽连篇累牍地发下，但守旧派大臣们不为所动。
光绪帝决定予以反击。光绪二十四年（1898年）七月十九日，光绪帝发下了百日维新以来的一个最重要的上谕，罢免礼部6堂官，即罢免了2位部长和4位副部长。七月二十二日，光绪帝又命李鸿章、敬信无庸在总理衙门行走，罢免了他们总署大臣之职。
光绪帝的以上谕旨触及了慈禧的二品以上高官的任命罢免权由她收回的底线。为了推行变法，光绪帝发布上谕，又任命四位军机章京，成立了一个新的军机处。他们实际就是光绪帝的宰相。这些坚决的举措，触动了整个顽固守旧的营垒，“守旧大臣皆恐，至是咸怀震动之心”。梁启超分析道:“于是祸变促矣。”
此时，以慈禧太后为代表的顽固守旧派和以光绪皇帝为代表的变法维新派处于你死我活的尖锐对立之中。双方壁垒森严，形同水火，刀光剑影，一触即发。光绪帝感到自身难保，向维新派康有为们发出了求救的秘密谕旨，请求保护。但幼稚的维新派毫无良策，反而派出谭嗣同向拥有兵权的两面派袁世凯求救。天真的谭嗣同鲁莽地向袁世凯泄露了“包围颐和园，劫杀皇太后”的密谋。
奸诈的袁世凯向直隶总督荣禄告密，将康有为等的“围园劫后”的密谋，和盘托出，出卖了维新派。在天津的荣禄当夜将这个重大信息电告北京的慈禧。慈禧勃然大怒，于翌晨从颐和园匆匆返回皇宫，召见光绪帝并愤怒地斥责道:“我抚养你二十多年，你竟敢听信小人的话谋害我吗？”当天发动政变，收回皇权，实行“训政”，并囚禁光绪帝于孤悬的瀛台。八月十三日（9月28日），慈禧下令杀害了杨深秀、杨锐、林旭、谭嗣同、刘光第、康广仁等维新志士。
慈禧太后把刚刚兴起的戊戌维新运动扼杀在摇篮之中。从此，慈禧太后结怨于光绪帝，处处提防光绪帝。现在论者证明，光绪帝是被毒杀的，使晚清的这桩历史疑案最终水落石出。关于毒死光绪帝的凶手，最近有论者指出:“慈禧惟恐自己先死，光绪复出掌权，尽翻旧案，故而在全国求医问药多次，大造光绪病重的舆论，希望光绪因体弱多病而先死，在人间悄悄地消失。但事与愿违，偏偏自己先遭重病，势将不起，故临终前令亲信下手毒死光绪。”可以说，光绪帝之死与他进行变法是有很大关系的。
关于光绪皇帝，长期以来史学界的评价不一，大体有四种观点:一是“洋务派的皇帝说”；二是“接受新思想的青年皇帝说”；三是“爱国开明皇帝说”；四是“维新皇帝说”。“洋务派的皇帝说”是早期的说法，对光绪帝近于否定。现在持这种观点的学者已逐渐式微，可不必议论。“接受新思想的青年皇帝说”，是史学家范文澜先生的提法。他说:“光绪帝是满洲皇族中比较能够接受新思想的青年皇帝，颇有所作为。”史学家陈旭麓先生也认为光绪帝是“向西方学习的青年皇帝”。这种说法对光绪帝是软性的肯定。“爱国开明皇帝说”和“维新皇帝说”，是内涵一致的不同表述，是近年来的新说法，得到了史学界的赞同。史学家李时岳先生说:“从百日维新中他已经做到的和正在做的、想要做的来看，确实是力图做一个资产阶级的维新皇帝。”“严峻的形势迫使载湉抉择，他选择了改革的道路。这个选择是明智的，因为他投靠了具有前途和希望的新兴的资产阶级势力。”也有学者说:“那么对于实际推行并公开领导这一革新运动的光绪帝，说他是一个维新皇帝理所当然。”“光绪皇帝，不愧为一个在特定的内外环境中出现的爱国开明皇帝”。
我本人比较同意后一种说法，光绪帝应该是一位领导了一场资产阶级维新运动的爱国开明皇帝。戊戌变法是在中国进行的第一次资产阶级变法，其历史贡献很多，主要体现在:一是政治上，戊戌维新派要求改变封建专制制度，建立近代的君主立宪国家；二是在经济上，倡导民营企业，为民族资本主义的发展开辟了道路；三是在文教上，废止了八股文，改革了科举制，实行了近代的教育制度。戊戌变法动摇和改变了封建制度的某些方面，为中国近代化开辟了道路。
尽管这次变法没有从根本上改变中国的命运，有这样或那样的历史局限，但无论如何，光绪帝在古老的中国大地上实行的这场资产阶级维新变法，向封建的顽固势力进行了有力的冲击。这个变法推动了资本主义的发展，传播了爱国和民主的思想，培养了一批有为的进步人士，为最后战胜封建势力积累了可观的力量。光绪帝的历史功绩不可没。（徐彻；原题:重新认识光绪帝）
