革命时期的格瓦拉。
传奇：踏上危地马拉与古巴革命
由于贝隆政府当时在阿根廷的的独裁统治，担心儿子被征用做军医的母亲让格瓦拉逃离阿根廷。1953年7月7日，格瓦拉开始了他的第二次拉美之旅。在玻利维亚经历了一次革命之后，格瓦拉从厄瓜多尔前往危地马拉。途经哥斯达黎加时，这个当时拉美唯一的民主国家深深打动了格瓦拉。
1953年12月24日，格瓦拉到达了危地马拉。当时危地马拉正处于年轻的左翼总统阿本兹（Arbenz）的领导下，进行着一系列改革，尤其是土地改革，矛头直指美国联合果品公司。在危地马拉他也得到了他知名的绰号“切”（Che），“Che”是一个西班牙语的感叹词，在阿根廷和南美的一些地区被广泛使用，是人打招呼和表示惊讶的常用语，类似于汉语中的“喂”、“喔”等。
1954年3月28日，美国中央情报局在洪都拉斯成立了一支由危地马拉军官阿玛斯领导的雇佣军，阿本兹政权很快被推翻，阿玛斯成为危地马拉总统，开始对左翼人士进行残酷的镇压，几个月之内约9000人被捕或被杀害。从此，格瓦拉坚定了自己的共产主义信仰，认为共产主义是解决目前拉美种种困难的唯一途径。随后，他前往墨西哥避难，并在此遇见了菲德尔·卡斯特罗。
1955年，格瓦拉同卡斯特罗在墨西哥城相遇，当时卡斯特罗兄弟正为重返古巴进行武装斗争并推翻巴蒂斯塔独裁政权而进行准备。格瓦拉迅速加入了卡斯特罗组织的名为“七二六运动”（以一次失败的革命：蒙卡达事件的日期命名）的军事组织。1956年11月25日，“七二六运动”的82名战士挤在“格拉玛号”（Granma）小游艇上，从墨西哥韦拉克鲁斯州（Veracruz）的图克斯潘（Tuxpan）出发，驶向古巴。
1956年12月2日，比计划推迟了两天，他们在古巴南部的奥连特省的一片沼泽地登陆，遭到巴蒂斯塔的军队的袭击，只有12人在这次袭击中幸存。格瓦拉，作为军队的医生，在一次战斗中，当面前一个是药箱，另一个是子弹箱时，他扛起了子弹箱。从这一刻开始，格瓦拉彻底从医生转变为了一名战士。
剩余的游击队战士，在马埃斯特腊山中安顿下来，并使革命队伍逐渐壮大，得到了一些农民及工人的支持。在战斗中，格瓦拉的超人的勇气及毅力、出色的战斗技巧和对敌人的冷酷无情得到了越来越多人的，包括卡斯特罗的赏识。他很快成为了卡斯特罗最得力和信赖的助手。到1958年初游击队员约有280人，在经历了一系列战斗之后，到12月27日，革命军拥有了8000平方公里土地和50万人民。1959年1月2日，革命军成功占领古巴首都哈瓦那，巴蒂斯塔出逃。一些证据表明，在1957至1958年，CIA曾暗地里向“七二六运动”提供了大笔资金，这也是革命成功的原因之一。这段经历，被格瓦拉写入了自己1963年出版的《古巴革命战争的回忆》（西班牙语：Pasajes de la Guerra Revolucionaria）中。
陨落：玻利维亚的死亡之行
1966年至1967年间 ，格瓦拉开始在玻利维亚带领游击队员进行革命活动。 当地的玻利维亚共产主义者购买Ñancahuazú的密林地区移交给格瓦拉用作训练区域。格瓦拉及其古巴伴随亦编改了一些游击队员军队方式。格瓦拉的第50号游击队员名为Ejército de Liberación Nacional de Bolivia（玻利维亚全国解放军ELN），有著精良装备及早期在险峻山区Camiri 与玻利维亚正规兵作战的经验，然而在9月，军队却设法想消灭第二个游击队小组，杀害其中一个领导。
玻利维亚总统René Barrientos得知他的存在后，扬言要杀死格瓦拉。他下令玻利维亚军队四处搜寻格瓦拉和他的追随者。希望挑起革命的格瓦拉对玻利维亚的错误判断令他后来惨败。他准备只是应付国家军政府及其一支训练的和装备皆极差的军队但却没有在意玻利维亚身后的美国。
当美国政府得知他的革命活动地点后，很快便派出了CIA人员进入玻利维亚援助反革命。因为美国的援助，玻利维亚军队由美国陆军特种部队顾问训练，当中更包括了一支以应付密林战而组织的别动队。而格瓦拉在游击当中却得不到地方分离分子及玻利维亚共产党的预期协助。这时，用来与古巴联络的两台短波发射机损坏令他无法寄发消息到哈瓦那，游击队员用来为从哈瓦那发出的短波解码的录音机亦在渡河中亦丢失了，这令格瓦拉完全地被隔离。由于美国对玻利维亚政府的军事援助和缺乏盟友，令格瓦拉的形势显得十分不妙。
另外，CIA帮助了反对卡斯特罗政权的古巴流放分子设立审讯室拷打那些被认为协助格瓦拉的玻利维亚人。为搜寻格瓦拉的支持者，几乎有300,000人因而受到政治迫害。
1967年10月在玻利维亚La Higuera，格瓦拉游击队中的一个逃兵向玻利维亚特种部队透露了格瓦拉游击队的营地。10月8日，当格瓦拉在La Higuera附近带领巡逻，特种部队包围了营地并且捉住了他。他在他的腿受伤后投降。关于他被擒时的情景分别有几个版本，有说法在冲突期间，有几个士兵想接近他，他便喊道：“不要射击！我是切格瓦拉，我活著对您来说比死更有价值”。另一说法是他被捕获时身份仍然不为人所知。他在捕获之时佩带著一只刚收到的礼物劳力士手表。当Barrientos知道他被擒才马上命令处死他。格瓦拉被囚在一个破落的校舍一夜后，第二天下午他便在他的手被绑在板上的情况下被一个抽签抽到了短秸秆的玻利维亚陆军中士枪毙了。一些人认为那个中士是向格瓦拉的面和喉头开枪。广泛受认同的是，他开枪射格瓦拉的双腿以令他的面孔完整以便证明身份，并假装是作战的创伤以隐瞒他被枪毙。他们咬住格瓦拉的胳膊以免其大声呼喊，他们最终见格瓦拉太痛苦而向其胸口开枪。切格瓦拉在他的死亡之前曾向那中士说过：“我知道你要在这里杀我。开枪吧！懦夫，你要杀死的，是一个男子汉！”另一个版本是在行刑前刽子手颤抖着不敢开枪，切格瓦拉平静地对他说：“开枪吧，胆小鬼，你只是要杀死一个人而已。”他的尸体被直升机送到了一个地方医院和展示予传媒。那时被拍摄照片成为了一个传奇，很多人颂扬他为圣人。在一名军医切断了他的手之后，玻利维亚的陆军将校将格瓦拉的尸首转运去一个秘密地方，并拒绝透露他的遗骸是否已被埋没或火化。
