暴行之二：平三藩屠杀平民
且不提与康熙尚无关系的扬州十日、嘉定三屠，只说康熙在平定三藩时，清军对平民的屠杀，从许多记载来看也是相当惊人。这里不必长篇大论，就引两则相关史料也可见一斑。
《清史稿.王骘传》里记载的王骘在康熙的上疏中说“四川祸变相踵，荒烟百里，臣当年运粮行间，满目创痍。自荡平后，修养生息，然计通省户口，仍不过一万八千余丁，不及他省一县之众”[1]
这份上疏是什么时候写的？所谓当年运粮行间是什么，荡平是指什么时候的荡平？这些问题我们继续查一下《清史稿》的原文就知道了。“王骘，字辰岳，山东福山人，……康熙五年，典试广东。历刑部郎中。十九年，出为四川松威道。时征云南，骘督运军粮，覆舟坠马，屡经险阻，师赖以济。”
“时以太和殿工，命采蜀中柟木。骘入觐，疏言：四川祸变相踵……”[2]
可见这份上疏就是在康熙平定三藩之乱以后，所谓“当年运粮行间”，就是指康熙十九年“出为四川松威道。时征云南，骘督运军粮”，那么这个所谓的荡平自然就是指康熙时期清军镇压吴三桂反抗，荡平四川云南了。
荡平之后，“通省户口，仍不过一万八千余丁，不及他省一县之众”，这个时期四川人口的损失，平民的死亡显然和清军是脱不了干系的。
其实不仅是四川，其他相关地区也遭受类似的厄运，比如江西百姓遭受屠戮的数量就不少，康熙十八年，浏阳县知县曹鼎新说“自甲寅吴逆倡乱，……以至王师赫怒，整兵剿洗，玉石难分，老幼死于锋镝，妇子悉为俘囚，白骨遍野，民无噍类”[3]。
这里说的就更明确了“王师赫怒，整兵剿洗，玉石难分”，联系到清军一向有屠杀平民的传统，再加上清朝方面的官员也不会故意抹黑清朝自己，所以这类记载的真实性是没有疑问的。无论以什么理由作为借口，如果一个皇帝手下的军队有大肆屠杀平民的行径，那么这样的皇帝再将其称为仁爱，那也是很不妥当了吧。
暴行之三：文字狱屠戮学者
再来说康熙时期的文字狱，客观的说，康熙制造的文字狱和其他两个清朝皇帝雍正乾隆相比并不算多，但也并非没有，而且有些案件的性质也还是很恶劣的。
比如康熙十九年(1680年)发生的朱方旦案，值得一提。
民国时期的史学大家孟森专门写过一篇《朱方旦案》的文章，其中说
“士大夫谈清代轶事者，往往及朱方旦之名，然首尾不详，但以妖人目之，若王好贤、徐鸿儒之类。此缘专制时代官文书所束缚，又政教不分，学问中禁阏自由思想，动辄以大逆不道戮人。一经遭戮，传者遂加甚其词，印定耳目，无能言其真相者矣。清末如四川井研之廖平，经学臣吴郁生奏参，几罹于法，尚是专制束缚之余习。迹朱方旦之所犯，并无罪名。当时侍讲王鸿绪所参三大罪：一则谈传教信仰，具出世法，略去帝王臣庶之阶级也；二则信徒之多也；三则发明记忆在脑不在心，以为立说新异也。由今观之，前二者皆宗教家面目，而其后一端，所谓新发明之脑力作用，尤为生理之定义，学界之雅言，略以为大罪，则今日之书籍皆当焚禁，学校皆当封毁矣。”
在《清代禁书总述》一书内的《清代文字狱纪略》也有对此案的介绍，不妨简略摘录如下“朱方旦之狱——康熙十九年（1680年），湖广有朱方旦者，自号二眉山人，聚徒横议，撰《中说补》，谓中道在两眉间山根上，……康熙二十年（1681年）七月，侍讲王鸿绪得方旦所刻《中质秘书》，指摘其中有诬枉君上，悖逆圣道，蛊惑民心之处，次年二月，九卿议复‘乞正典刑，以维世道’。结果朱方旦被斩，弟子陆光旭、翟凤彩、顾齐宏亦被判为斩监秋后处决”
