然而，《孔子世家谱》续修工作从一开始就面临着诸多困难，既有当今社会大气候影响、更有来自家族内部的不信任。据孔德墉介绍，新中国成立以后，由于破四旧、批林批孔运动等，家谱作为封建宗族的旧文化当然不敢重提。直到80年代改革开放以后，情况才有所变化，但当今社会不少人对修谱仍然心存疑虑。
孔德墉说，遇到的最大困难是族人和社会上一些人的不理解。他们认为修家谱是封建糟粕，不应该死灰复燃。“一些族人不相信我们，甚至仍然以姓孔为耻，对孔子持有扭曲的看法。”孔德墉伤感地说。
据了解，新中国成立前，在孔氏家族中，衍圣公为宗子，是全族首脑，负责孔子祭祀和家族事务管理。各地分支为小宗，历代政府为孔子后裔单列圣裔户、圣裔都和圣裔图以别于齐民。各支也立小宗宗子，设户首房长管理族众，并受衍圣公府管辖。这种家族制度的确带有较浓厚的封建色彩。新中国成立后，这种家族制度被彻底废除。
然而认为修谱为封建遗俗的观念在一些人心里根深蒂固，因此家谱续修协会工作人员在寻访孔氏族人过程中，没有少吃白眼与闭门羹。2000年，获悉江苏泰兴有孔氏后人聚居，续修工作协会办公室主任孔德宏前往寻访。到当地孔氏较有名望的人家拜访时，却吃了闭门羹，“当时，真是门都不让进，斩钉截铁地说不入谱，我们走时，还冲我们喊了句‘但我们不会忘记祖宗’。”
同时，为了筹集修谱所需经费，按以往惯例，入谱每丁需交5元钱。这让许多族人怀疑这些打着修谱旗号的人是骗钱敛财之徒。“有人说你们凭什么代表孔氏修谱，还有人说我们是骗子、搞传销……”2006年春天，有人打电话到协会，一听接电话的是孔德威，诧异道:“你还在啊，我听说你们被公安局抓走了啊！？”
对于人们的误解，孔德墉说，这次修谱是为理清理顺孔氏家族内部的血缘传承与分布变迁，并不是为了恢复家族制度，而是为了保护文化遗存。 他说，《孔子世家谱》是孔子家族史，这点是肯定无疑的，但这个家族历史悠久，在中国历史上具有重要的地位，如果没有文字记载，不能继承下去非常可惜。 他认为，家族史与正史、地方史志一样是一个国家历史的重要组成部分，《孔子世家谱》与同时期的文化相辅相成，相得益彰，目前在我国历史上还无法找出任何其他家谱，在历史人文价值上能够与这一家谱相媲美的。
中国社会科学院徐世璇研究员也曾撰文认为，延续时间久远的家谱对于人口学、姓氏学、民俗学、民族学、宗法制、家庭结构变化、人口迁徙等社会学研究都具有极为重要的参考价值。续修《孔子世家谱》，也有利于增强华夏民族“血缘同宗、文化同源”的向心力和凝聚力。
孔德墉认为，续修《孔子世家谱》是为了完善家族传承脉络，但客观上更是实现了传承文化和历史，是当今孔子后人必须担负的使命，同时，数字化的新谱不仅查询方便，而且具有统计功能，例如年龄结构、文化程度、人口分布情况等。另外，新谱还增加了一幅全国电子地图，可以直观地看到孔氏后人在全国的人口分布，对研究儒家学说及人口学、社会学、教育学等方面都将具有重要的价值。
山西昔阳最早发现失传千年的后裔支谱 新华社记者 刘宝森 摄
山西昔阳最早发现失传千年的后裔支谱手抄本 新华社记者 刘宝森 摄
