根据1993年5月23日签订的《俄塔军事合作协议》和1994年9月24日签订的《独联体国家首脑关于在塔组建集体维和部队的决定》，俄第201摩步师作为集体维和部队的组成部分驻扎塔吉克斯坦，担负塔阿国家边境的掩护任务。第201摩步师兵力约8000人，装备190辆坦克（T-72），313辆步兵战车和装甲输送车（БМП-1，БРМ-1К和БТР-80），120门自行火炮（66门155毫米的2C1“石竹”，54门152毫米的2C3“金合欢”），24套火箭齐射系统（12套122毫米的БМ-1“冰雹”，12套220毫米的9П140“飓风”），36门迫击炮（120毫米的ПМ-38）。
美军在中亚的巴格拉姆空军基地
第201摩步师在塔吉克斯坦发挥了重要的稳定作用。正是该师构成了独联体维和部队的基础。俄军担负的主要任务是在塔政府军和反对派武装发生武装冲突的情况下，遏制作战行动规模的扩大，支援驻塔俄边防部队并保卫塔阿边境。在1992-1993年及后来的武装冲突中，第201师制止了极端势力将战争扩展到塔全境的企图，同时该师也蒙受了巨大的人员损失：1993-1995年共损失97人。该师还为塔武装力量干部培训提供了帮助，向当地居民运送了人道主义援助物资，参加抢险救灾。
1999年12月两国签订了《驻塔俄军事基地地位与保留条件条约》，规定条约生效一年后以驻塔俄军首先是第201师为基础组建军事基地。
俄罗斯与乌兹别克斯坦的军事合作
乌兹别克斯坦签订了1992年5月15日在塔什干缔结的独联体国家集体安全条约。此外，1994年3月2日，俄乌签订了《军事合作条约》和《武装力量相互技术和物质供应原则协议》（均为期五年）。
1995年7月底，俄罗斯总理切尔诺梅尔金访乌期间签订了《扩大军事合作议定书》。但1997-1998年两国在解决包括塔吉克斯坦在内的中亚地区的安全问题上发生分歧，因此，1999年2月乌兹别克斯坦宣布不打算延长《集体安全条约》的有效期。
尽管乌兹别克斯坦领导人对伊斯兰反对派采取了严厉的措施，伊斯兰分子仍在该国费尔干纳盆地、撒马尔罕和希瓦地区扩大了其影响，加剧了国内世俗派和伊斯兰派之间的对抗。伊斯兰原教旨主义对俄、乌两国的国家安全都构成了现实威胁。1998年，卡里莫夫总统访俄期间宣布成立“俄乌塔”三国联盟，其主要目标是“对抗本地区侵略性的原教旨主义和极端主义”。
1999年4月，乌兹别克斯坦拒绝延长《独联体国家集体安全条约》有效期。卡里莫夫认为，对于保证地区安全来说，有《中亚国家紧急情况下互助协议》已经足够了。因此乌总统反对俄罗斯在相邻的塔吉克斯坦境内建立军事基地。
20世纪90年代末，出现了乌兹别克斯坦军队中断与俄罗斯武装力量的合作的趋势。乌兹别克斯坦希望在国际舞台上独立于俄罗斯而行动，并打算依靠与北约国家首先是土耳其和美国的关系来保障自己的安全。但1999年8月至10月在吉尔吉斯斯坦发生武装冲突和同年在乌国首都塔什干附近扬基阿巴德发生瓦哈比派教徒暴乱之后，美国和北约并未向乌提供其预期的援助（尽管此前两年中在乌境内举行了由五角大楼资助的联合军事演习）。显然，这种合作可能是危险的。1999年春季，参加乌美演习的美国第16山地步兵师的士兵得到了借助于卫星照片制作的详细地图。令乌特工机关没有想到的是，在吉尔吉斯南部山区的战斗中在瓦哈比派教徒手中也发现了这样的地图。
