在联合作战集群在吉尔吉斯斯坦工作的最后阶段（1999年10月27日至11月3日），哈、吉、俄、塔、乌五国军队举行了代号为“南方友谊盾牌-99”的联合首长司令部演习（演习指挥官为独联体成员国军事合作协调参谋部副参谋长L.马尔采夫中将）。在总结演习时，各成员国国防部长都表示希望定期举行这种演习。
机翼折叠起来的苏-33舰载战斗
俄吉军事合作发展过程中一个重要的步骤是，2003年俄罗斯在吉尔吉斯坎特机场设立了空军基地。该基地应成为正在组建的中亚集体快速反应部队的组成部分。计划在坎特空军基地部署超过500名军人和文职人员。机场驻扎约20架飞行器，包括苏-25、苏-27、安-26飞机和米-8直升机。
俄罗斯与塔吉克斯坦的军事合作
与其他中亚国家相比，俄罗斯与塔吉克的军事合作是最发达的。俄塔军事合作的主要方向是：保卫独联体南部边界——塔阿（阿富汗）边境；参加独联体集体维和部队；在政府军与反对派发生武装冲突时稳定局势；在两国国防部框架内进行合作。
合作的主要内容是：可靠地保卫塔阿边境；遏制塔吉克斯坦内部武装对抗规模的扩大；帮助塔稳定国内局势；在物质技术保障、培训专业人员方面向塔吉克斯坦武装力量和边防部队提供帮助；采取特种行动；巩固整个国家的安全。
塔吉克斯坦与俄罗斯签订了一系列军事合作协议，其中包括：《军事合作条约》（1993年5月25日签订，1993年11月17日生效），《驻塔俄军法律地位协议》，《驻塔俄边防部队法律地位协议》及其附件——《驻塔俄边防部队财政和物质技术供应办法议定书》，《驻塔俄军物质技术保障和日常必需品供应原则协议》。两国在1993年签订的《军事合作条约》中称，“俄罗斯联邦武装力量部队……在过渡期驻留其在塔吉克斯坦共和国境内的常驻地，保留所有武器、弹药、军用技术装备和物资。”
塔吉克斯坦国内局势复杂，国内战争不止，战役战术层次缺乏训练有素的干部迫使该国军事政治领导人请求俄罗斯派遣军事顾问。两国于1996年制定并于1997年1月21日签订了有关协议，根据协议组建了由塔吉克斯坦国防部长领导的俄首席军事顾问机构。此外，还签订了关于归国防部相关局和总参谋部、兵团和部队首长领导的俄罗斯军事顾问有关问题的补充协议。
以俄罗斯联邦国防部首席军事顾问Ю.巴拉诺夫中将为首的军事顾问团从1997年开始工作。俄罗斯军事顾问还被派往塔吉克斯坦武装力量各部队。首席军事顾问机构的军官和俄罗斯军事顾问在以下方面向塔吉克斯坦军人提供有效的帮助：制定作战训练和保障部队活动的指导文件，与部队和分队军官及全体人员一起进行实习作业，参加塔吉克斯坦高等军事学院的授课。这一活动取得了积极的效果。塔吉克斯坦总统和国防部长都指出，在1998年镇压霍坚特区(索格特州)的武装暴乱时，配有俄罗斯军事顾问的部分与分队表现出色。
由于业已形成的军事政治形势，塔吉克斯坦实际上成为前苏联各加盟共和国中唯一没有继承苏联“遗产”的国家。军事干部不足预先决定了俄塔合作方向是干部培训，其途径有二：塔吉克斯坦青年到俄罗斯军校学习；塔吉克斯坦公民到俄军驻塔第201摩步师和边防部队集团服役。俄军总参谋长访塔期间签订了关于在第201摩步师组建教导连的协议，根据协议在该连由俄罗斯军官和下级指挥人员对塔吉克士兵进行训练。
