从邱义仁被收押禁见后，特侦组人员清查陈水扁在秘密外交案时发现，媒体总是早特侦组一步，第一手取得安亚……等机密专案的详细内容，以特侦组泄密的罪名，来干扰侦查的进行。据了解，幕后操盘泄露这些“国家”机密的，台前“外交”部门主管，现帮忙主持扁办的陈唐山应知情。
据台媒报道，邱义仁因秘密外交弊案被收押，当时检方向法院声请的理由，仅“安亚专案”一项，其他的秘密外交是不是涉及不法，还有待调查，不过，“安亚”、“拉美”及“医和”专案等所谓秘密外交内容，都陆续被披露，内容相当详细，引起绿营人士的极度不满。
台“外交”主管部门因此受到相当的责难，绿营人士向“外交部”查证秘密外交的内容是不是如媒体刊载，并且批评“外交部”怎么可以把秘密外交的内容透露给媒体，造成“国家”莫大的损害？并且质疑“外交部”的居心何在，是不是乘机打压过去绿色执政的政绩？
台“外交”主管部门对这个情形深感委屈，却也难以解释，因为秘密外交任务，是体制外的运作，既然是秘密，当然不会留下书面文件、档案，一切以“船过水无痕”为最高指导原则。
台“外交”主管部门在秘密外交任务中，扮演的只是付钱的出纳角色，“外交部”自己都搞不清楚，哪里有资料可以“喂食”媒体？
特侦组当然也成了被非难的对象，绿营人士枪口一致，紧咬特侦组泄密，还怀疑特侦组另有目的。
特侦组也是哑巴吃黄莲，原因是这些被披露的内容，特侦组也不是很清楚，却受到绿营人士逼迫澄清的压力，特侦组也不知内容是真是假，如何澄清？陷入进退维谷的窘境。
据最新一期时报周刊报道，绿营人士对于安亚等专案的曝光内容，十分光火，认为这些内容已经足以损害“国家”形象，毁掉好不容易建立的滩头堡，却又找不出泄密管道；特侦组分案调查，绿营人士仍嫌不够，特侦组背负了绿营情绪，成了替罪羔羊。
