陈水扁遭羁押后，陈水扁家权力结构开始变化，吴淑珍开始插手陈水扁办公室的业务。图片来源:台湾“今日新闻”
据台湾“今日新闻”报道，陈水扁被收押后，陈水扁办公室暂时由台湾前“总统府秘书长”陈唐山坐阵打理，但有媒体报道指出，陈水扁办公室实际的幕后掌控者是吴淑珍。
报道指出，吴淑珍要陈水扁办公室随时向她报告业务进度，还传出为了安抚因为扁案遭到收押的几位陈水扁亲信，扁家还主动拿钱出来张罗，吴淑珍俨然已经成了扁办的新主人。
打从陈水扁被送进土城看守所的那一刻起，扁家的权力结构也立刻起了变化，大家长不在，吴淑珍开始插手扁办事务，不但要连办好几场“挺扁”晚会，还得忙着安抚幕僚。
根据报道，曾经为扁家卖命的几位亲信幕僚包括陈镇慧、林德训、马永成、邱义仁等人，因为涉及扁家弊案遭到收押，为了安抚这些亲信，吴淑珍甚至主动为他们准备保释金。
11月20日，陈镇慧无保开释，没有用到保释金；11月24日，林德训20万交保，这20万保释金传出是吴淑珍出钱，但林德训的律师否认这样的说法。林德训委任律师李胜琛说，“那个是他(林德训)太太自己拿出来的钱，他太太拿给我的，亲自交给我，我还帮他办的，所以这个我很清楚。”
不只传言拿钱出来安抚亲信，吴淑珍也交代扁办把陈镇慧和林德训两人在扁办的位子整理干净，随时欢迎他们回扁办。
虽然扁办对外事务目前是由陈唐山代为打理，但不轻易相信外人的吴淑珍还是通过电话遥控，要求扁办随时向她报告进度，连“挺扁”晚会要邀请谁都得和吴淑珍一一商量，扁家的重担已经落在一天要昏倒好几次的吴淑珍身上，扁办目前也几乎成了由吴淑珍亲手主导的办公室。
