马英九上台后，在坚持“九二共识”基础上，主张维持“不统、不独、不武”台海现状，加强台军建设。马英九采取各种方法和举措，针对陈水扁执政时给台军留下的“以武谋独”的“后遗症”──种种危机，进行解危除困。但台军迄今仍然面临“五大危机”：
一、信仰危机 官兵不知为谁而战、为何而战
在国民党“两蒋”时期，台军坚持“一个中国”原则，在台军中进行反“台独”教育。然而，陈水扁上台后，正式下令在台军中取消坚持多年的反“台独”教育，而代之以搞“台独”教育，妄图把台军打造成名副其实的“台独”军队。千方百计对台军从思想上进行彻底改造，不断在台军中进行“拥扁”、“拥政”、“爱台”教育；不断向官兵灌输其“统一不是唯一选项”、“两岸无九二共识”、“与大陆作战是台军的主要任务”等分裂意识。
特别是2007年，陈水扁明确提出，台军官兵要为“台湾的‘国家’生存与发展而战……”，并以此作为军魂，对官兵进行“洗脑”、“涮心”。这使台军官兵在“统独”问题上产生极大的思想混乱和迷失，产生了信仰危机。
马英九上台后，在坚持“九二共识”的基础上，主张维持“不统、不独、不武”台海现状，以此对台军官兵进行思想教育，加强军队建设。但迄今对陈水扁力主搞“台独”的思想理念并未清除，信仰危机仍然在台军官兵的头脑中存在，为谁而战、为何而战的问题并未完全解决。
二、贪腐弊案危机 军中伦理道德荡然无存
据岛内媒体报道，近来台军贪腐案频传，台“监察院”已锁定军中四大弊案，包括军中接受性招待案、军中人事升迁制度缺失案、军中买官案及军中采购弊案。这些弊案很多是陈水扁执政时期留下来的“后遣症”。
比如，台军中买官卖官兴于陈水扁时期。陈水扁上台后，为了自己的需要，无视过去规定，彻底改变台军将领晋升规则和生态。在陈水扁任内晋升的将领中，现有不少人被揭发出来有问题。
主要存在“四大乱象”：一是“异常升迁”，指的是未依规定任满两年就晋升高官，仅陈水扁第二任期就高达240人次。二是“酬庸升迁”，是指上校晋少将或少将晋中将后不到一年就退伍，有的甚至晋升当天或第二天就办退伍，以增加退伍酬金优待。三是给“逢迎拍马”者晋升。四是为“扁系人马”升迁。近日来，台军中买官卖官弊案引发“地震”，将被调查的将官多达千余人。根据马英九的肃贪令，台“国防部”已将目前现役300多名将官及过去近十年退伍的600多名将官共1000多名将官全数列册准备进行全面清查。清查重点除是否涉买卖官外，也包括外界质疑升迁资格、晋升过快和升退制度等问题。
台海军陆战队中将徐尚文卷入采购弊案，最近被揭露自杀未遂，震惊台军上下。看来，马英九当局和台军高层面对军中贪腐弊案危机正在采取肃贪除弊举措，力求解决。效果如何，有待观察。
