1997.4.25菲军方在南沙群岛发现三艘中国武装舰艇，菲外交部向中国提出抗议。
1997.4.30两艘中国渔船停泊南沙黄岩岛，杂岛上设立界碑、竖起国旗，遭菲军舰驱离，菲渔民其後拔去中国旗及撤出界碑。
1997.4.29菲强烈抗议中国武装船只於南沙美济礁附近海面游弋，并拆除岛礁上的建筑物。
1997.6.30菲军方表示，炸毁一座相信是中国建造在仙宾礁上的新建筑物，中国7月3日提出谴责。
1997.10.05菲军方在菲律宾水域截获两艘共载有34名中国渔民的渔船，将他们被捕，拟控非法入境及非法捕鱼。
1998.11.05菲军方抗议中国军舰在黄岩岛附近活动。
1998.11.09菲国防部长指100多名工人在美济礁建造大型水泥兵营或码头，责中国「渐进入侵」，中国指建造的是渔民避风港，指菲反应无理。不日後菲反应升级，总体下令加强海空军在美济礁附近的巡逻，防止中国船只进出南沙海域，军方获令可开枪示警。
1998.11.30菲海军逮捕20名中国渔民，扣留六艘中国渔船，指他们在南沙群岛一个菲律宾声称拥有主权的小岛上捕鱼，随後正式起诉他们非法捕鱼。
1999.1.16菲军方指中国正在有争议的美济礁上修建一个新的钢筋混泥土结构，并发现两艘导弹护卫舰在附近海面警戒。
1999.3.02中国外交部抗议菲律宾将在南沙中业岛扩建机场跑道并增建军事设施。
1999.5.24菲外交部宣布，一艘中国渔船23日在南沙群岛北部的黄岩岛附近，与一艘菲军舰相撞后沉没。
1999.11 菲律宾和美国在南沙举行军事演习，并拟将南沙主权入宪，中国要求观察菲、美在南沙群岛的任何演习。
2000.1 菲律宾军方又在南沙群岛驱赶中国渔船，中国政府严正声明，要求菲律宾立即停止对中国领土黄岩岛的一切侵犯行径。
2000.5 菲律宾海岸警卫枪杀中国渔民，中国就菲海警枪杀我渔民向菲方提出严正交涉。菲律宾表示释放中国船员，但拒绝赔偿家属。
2001.3 菲律宾海空军驱赶中国渔船，中国向菲方提出严正交涉，朱镕基会见菲律宾总统特使时也谈到南海问题。
2001.5 中国渔船被越南军舰抓扣。
