火警时，四楼手术房有多名病患等候开刀，被紧急推至一楼避难。台北市消防局表示，起火原因要事后火场鉴定厘清。“警政署长”王卓钧表示要查明火源，确认是意外或是人为纵火。
北市消防局勤务中心昨晚七点廿五分接获报案，指称台大急诊室失火。第一波消防队员赶到现场时，发现火场比想像中严重，立刻增派人力，共出动四十一辆消防车、十五辆救护车前往灭火和救人，消防队员一百卅四人，空气压缩器材、化学灾害处理车也都出动。
消防局第三大队大队长莫怀祖表示，他们到达前台大便告知现场有含毒的“环氧乙烷”，必须戴防毒面具和氧气瓶上楼灭火。
台大医院急诊室医护大楼的地形位置复杂，急诊室正门有弧状车道，右方是国际会议中心，南面则有医学院篮球场隔离，加上建筑物前造景阻挡，消防车难以靠近。消防队员从国际会议中心大楼喷水灌救，台大医学院学生惊问“这是远水救近火吗？”
火势扩大后，急诊室大楼的病患首先撤离，许多病人躺在病床上被推出。陪弟媳开刀的江先生一家人说，当时听到爆炸声，他们夺门而出，这时广播才说医院发布“红色警报”，要求大家疏散，但没说是火灾。
七十岁的洪太太说，她和丈夫闻到烧焦味，觉得好像失火，但医院内却没有惊叫声，也没人告知；他们先由重症病患出口逃离，却看到火星从天而降，“吓死人了”。
火势在晚上九点四分时初步控制，由于楼上必须“撬开玻璃通风”，医护人员担心待在中庭的病患会被砸到，又将病床上的病人推回大厅；护士拿着扩音器在现场广播，希望民众不要逗留室外。
